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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aik | ||||||
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タイトル | Cab2 mutant H337A complex with phosphopantothenoyl-CMP | ||||||
要素 | Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2 | ||||||
キーワード | LIGASE / Phosphopantothenate--cysteine ligase / complex / phosphopantothenoyl-CMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CoA-synthesizing protein complex / Coenzyme A biosynthesis / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, P. / Zhu, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Phosphopantothenoylcysteine Synthetase from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Zheng, P. / Zhang, M. / Khan, M.H. / Liu, H. / Jin, Y. / Yue, J. / Gao, Y. / Teng, M. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aik.cif.gz | 154.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aik.ent.gz | 117.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6aik_validation.pdf.gz | 877.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6aik_full_validation.pdf.gz | 888.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6aik_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6aik_validation.cif.gz | 45 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aik | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42684.660 Da / 分子数: 2 / 変異: H337A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB2, YIL083C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40506, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 200mM potassium sodium tartrate 20% PEG3350 2mM MnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→56.26 Å / Num. obs: 54950 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.926 / Num. unique obs: 2714 / CC1/2: 0.711 / Rpim(I) all: 0.488 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P9O 解像度: 1.83→56.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.91 Å2 / Biso mean: 36.699 Å2 / Biso min: 16.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→56.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.831→1.878 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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