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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ai9 | ||||||
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タイトル | Cab2 mutant-H337A complex with phosphopantothenate | ||||||
要素 | Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2 | ||||||
キーワード | LIGASE / Phosphopantothenate--cysteine ligase. complex / phosphopantothenate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CoA-synthesizing protein complex / Coenzyme A biosynthesis / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, P. / Zhu, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Phosphopantothenoylcysteine Synthetase from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Zheng, P. / Zhang, M. / Khan, M.H. / Liu, H. / Jin, Y. / Yue, J. / Gao, Y. / Teng, M. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ai9.cif.gz | 150.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ai9.ent.gz | 115.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ai9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ai9_validation.pdf.gz | 955.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ai9_full_validation.pdf.gz | 977.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ai9_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ai9_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42684.660 Da / 分子数: 2 / 変異: H337A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB2, YIL083C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P40506, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.11 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM ammonium tartrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→56.76 Å / Num. obs: 36076 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.41 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 1819 / Rpim(I) all: 0.056 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P9O 解像度: 2.09→56.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.339 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.216 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.25 Å2 / Biso mean: 32.757 Å2 / Biso min: 16.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.09→56.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.089→2.143 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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