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- PDB-6ai6: Crystal structure of SpCas9-NG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ai6
タイトルCrystal structure of SpCas9-NG
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
  • DNA (28-MER)
  • DNA (8-MER)
  • RNA (81-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Hirano, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space
著者: Nishimasu, H. / Shi, X. / Ishiguro, S. / Gao, L. / Hirano, S. / Okazaki, S. / Noda, T. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Mori, H. / Oura, S. / Holmes, B. / Tanaka, M. / Seki, M. / ...著者: Nishimasu, H. / Shi, X. / Ishiguro, S. / Gao, L. / Hirano, S. / Okazaki, S. / Noda, T. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Mori, H. / Oura, S. / Holmes, B. / Tanaka, M. / Seki, M. / Hirano, H. / Aburatani, H. / Ishitani, R. / Ikawa, M. / Yachie, N. / Zhang, F. / Nureki, O.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
B: RNA (81-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (8-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,02220
ポリマ－196,3724
非ポリマー65016
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22880 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area72490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.377, 68.568, 187.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8463.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#4: DNA鎖 DNA (8-MER)


分子量: 2472.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9


分子量: 159226.516 Da / 分子数: 1
変異: N863A, L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1355V, T1357R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (81-MER)


分子量: 26209.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

-
非ポリマー , 4種, 52分子

#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-acetate, pH 8.0, KSCN, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.17 Å / Num. obs: 58235 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.202 / Num. unique obs: 4509 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.778

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UN3

4un3


解像度: 2.7→48.166 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 2891 4.98 %
Rwork0.218 --
obs0.2193 58087 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10535 2464 25 36 13060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45218765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4447846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74430.36651220.33462636X-RAY DIFFRACTION100
2.7443-2.79160.37361260.32832598X-RAY DIFFRACTION99
2.7916-2.84230.3781490.32542585X-RAY DIFFRACTION99
2.8423-2.8970.4071280.35142623X-RAY DIFFRACTION100
2.897-2.95610.39811340.33592600X-RAY DIFFRACTION100
2.9561-3.02040.33051430.30812592X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.09060.29931150.29122661X-RAY DIFFRACTION100
3.0906-3.16790.32591180.27562626X-RAY DIFFRACTION99
3.1679-3.25360.30041540.2572568X-RAY DIFFRACTION99
3.2536-3.34930.25641450.25192577X-RAY DIFFRACTION99
3.3493-3.45740.27911440.25282612X-RAY DIFFRACTION99
3.4574-3.58090.27071390.23382622X-RAY DIFFRACTION100
3.5809-3.72420.26181510.21812591X-RAY DIFFRACTION100
3.7242-3.89360.24331360.19692625X-RAY DIFFRACTION100
3.8936-4.09880.20741460.19732639X-RAY DIFFRACTION100
4.0988-4.35550.20291330.18662645X-RAY DIFFRACTION100
4.3555-4.69150.20311520.17542626X-RAY DIFFRACTION100
4.6915-5.16310.20821280.17132654X-RAY DIFFRACTION100
5.1631-5.90910.19521450.18532676X-RAY DIFFRACTION100
5.9091-7.44040.21381470.20532677X-RAY DIFFRACTION100
7.4404-48.17410.21381360.18792763X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4226-0.07780.20730.3215-0.09471.4206-0.01850.1066-0.04060.1055-0.0199-0.10790.10210.46260.02640.4429-0.06450.02080.5083-0.04350.445312.15785.410447.3659
22.73551.3511-0.14543.0535-1.16964.1118-0.0627-0.1846-0.04490.94320.1105-0.3091-0.8778-0.0907-0.03940.78530.103-0.08540.3374-0.03570.6464-3.475520.390977.929
32.6861-1.2171.40731.3937-0.59412.40950.25350.1555-0.6110.1855-0.0575-0.28910.81350.3606-0.18680.9134-0.0298-0.04720.6814-0.11150.8843-8.5633-15.355263.06
41.57660.2449-0.42870.6835-0.13021.8222-0.0485-0.0337-0.24910.1660.082-0.01850.4886-0.3246-0.02210.609-0.18970.02750.589-0.06440.551-28.3622-12.228944.1364
51.093-0.6721-2.06730.47760.73137.4321-0.38060.0851-0.0120.26590.35770.09711.1129-0.67380.04780.6469-0.15550.12990.6578-0.12520.5572-5.29676.268359.347
61.84860.25030.6263.13030.58643.60760.13520.39160.0385-0.17590.0781-0.50590.91030.6227-0.20710.54330.04250.06850.8215-0.10240.458316.4024-1.637117.5035
71.8883-0.7132-0.33292.55450.25344.24941.31381.577-0.0622-1.243-0.29490.160.97830.517-1.07731.82760.474-0.05981.6359-0.17940.767622.5479-17.94682.2729
82.53270.0480.71950.8672-0.14361.7620.10180.13470.0932-0.1083-0.14190.12140.06360.07940.04470.3101-0.08170.00330.3507-0.01780.269-2.94419.392329.8222
90.5995-0.29721.4560.1694-0.78934.2101-0.63730.87781.276-0.42880.1317-0.725-1.38741.62410.53031.6384-0.39390.73841.44510.30752.2275-35.144218.297732.6891
103.7505-0.14650.08432.60031.52631.14330.5878-2.17991.3115-0.3287-0.0087-1.1162-0.79991.2787-0.60951.36530.24710.12711.859-0.41131.0983-40.174811.942439.6068
115.19991.0165-2.31199.19181.16281.91740.19310.7471-1.4218-0.31620.4163-0.9619-0.0744-0.2707-0.56411.386-0.55720.05761.4466-0.48691.2706-16.123-20.729418.2963
125.6612-0.8411-1.39782.7467-2.3352.990.2960.1146-0.69150.0739-0.85010.52880.58920.32720.54440.46750.01910.0530.9161-0.19770.671-2.4957-9.841831.0091
138.0733-1.7482-0.50661.9488-2.95446.12320.232-0.43530.29080.22470.288-0.14410.443-1.2729-0.53180.58230.02480.10060.6235-0.02790.37075.99474.068149.306
141.9518-1.30511.10677.389-1.40254.05340.0813-0.84390.1496-0.83410.5290.06580.21060.2567-0.61040.7912-0.34070.22170.7788-0.17890.5249-8.013510.337960.5748
156.113-1.4746-0.4638.46264.1149.1683-0.67620.5603-0.08210.77630.93461.4221.2223-0.9712-0.21610.8665-0.15110.04740.88890.13750.6404-13.0416-1.104374.9685
162.0936-1.4881-1.51693.41723.41683.4174-1.1052-0.41250.60811.07270.80380.5714-0.4451-1.6170.26860.87760.25340.20951.03580.1141.0032-19.36968.987384.0703
172.419-1.27591.54235.02470.08153.46230.36281.0322-1.5226-1.51270.0966-0.65540.67070.3665-0.4941.0116-0.28280.19591.0672-0.48971.033-11.5692-14.842220.0432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 560 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 561 through 730 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 731 through 889 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 890 through 1366 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 40 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 41 through 70 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 71 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 81 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 5 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 10 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 16 through 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 21 through 25 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 26 through 28 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 5 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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