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- PDB-6ahy: Wnt signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahy
タイトルWnt signaling complex
要素
  • Frizzled-8
  • Proto-oncogene Wnt-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signaling / Canonical Wnt pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Spemann organizer formation at the anterior end of the primitive streak / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / WNT ligand biogenesis and trafficking / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Wnt receptor activity ...Spemann organizer formation at the anterior end of the primitive streak / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Regulation of FZD by ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / WNT ligand biogenesis and trafficking / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / Wnt receptor activity / limb bud formation / dorsal/ventral axis specification / gamete generation / Wnt-protein binding / mammary gland epithelium development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / head morphogenesis / frizzled binding / embryonic forelimb morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signalosome / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior axis specification / mesoderm formation / cell fate commitment / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of neurogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / neuronal dense core vesicle / cellular response to retinoic acid / TCF dependent signaling in response to WNT / extracellular matrix / axon guidance / cytokine activity / stem cell proliferation / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Golgi lumen / Wnt signaling pathway / endocytic vesicle membrane / neuron differentiation / cell morphogenesis / T cell differentiation in thymus / angiogenesis / gene expression / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / protein domain specific binding / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Wnt-3 protein / Frizzled 8, cysteine-rich domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain ...Wnt-3 protein / Frizzled 8, cysteine-rich domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Proto-oncogene Wnt-3 / Frizzled-8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hirai, H. / Arimori, T. / Matoba, K. / Mihara, E. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a mammalian Wnt-frizzled complex.
著者: Hirai, H. / Matoba, K. / Mihara, E. / Arimori, T. / Takagi, J.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-8
B: Proto-oncogene Wnt-3
C: Frizzled-8
D: Proto-oncogene Wnt-3
E: Frizzled-8
F: Proto-oncogene Wnt-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,19917
ポリマ－157,4796
非ポリマー2,72011
水00
1
A: Frizzled-8
B: Proto-oncogene Wnt-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6507
ポリマ－52,4932
非ポリマー1,1575
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Frizzled-8
D: Proto-oncogene Wnt-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6146
ポリマ－52,4932
非ポリマー1,1214
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Frizzled-8
F: Proto-oncogene Wnt-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9354
ポリマ－52,4932
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.073, 141.611, 260.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Frizzled-8 / mFz8


分子量: 16239.690 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fzd8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61091
#2: タンパク質 Proto-oncogene Wnt-3 / Proto-oncogene Int-4 homolog


分子量: 36253.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNT3, INT4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56703

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糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.1 M LiCl, 20%(v/v) Ethylene glycol, 7%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 55285 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 72.94 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2712 / Rsym value: 1.305 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F0A

4f0a


解像度: 2.8→44.157 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 2717 4.95 %
Rwork0.2054 --
obs0.2073 54944 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9781 0 166 0 9947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19613920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.696023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.85090.37761270.3052754X-RAY DIFFRACTION100
2.8509-2.90570.31061540.28632695X-RAY DIFFRACTION100
2.9057-2.9650.32221410.27192726X-RAY DIFFRACTION100
2.965-3.02950.32531270.26842731X-RAY DIFFRACTION100
3.0295-3.09990.37871610.27962689X-RAY DIFFRACTION100
3.0999-3.17750.32831470.26292708X-RAY DIFFRACTION100
3.1775-3.26330.28881430.24462738X-RAY DIFFRACTION100
3.2633-3.35930.28041310.22652723X-RAY DIFFRACTION100
3.3593-3.46770.28541520.22942737X-RAY DIFFRACTION100
3.4677-3.59160.27821540.22072713X-RAY DIFFRACTION100
3.5916-3.73530.27051350.20932756X-RAY DIFFRACTION100
3.7353-3.90520.22861570.19662733X-RAY DIFFRACTION100
3.9052-4.1110.19251420.18442740X-RAY DIFFRACTION100
4.111-4.36830.21231280.17422752X-RAY DIFFRACTION100
4.3683-4.70530.22561330.16612794X-RAY DIFFRACTION100
4.7053-5.17810.23371480.17992763X-RAY DIFFRACTION100
5.1781-5.92590.22081520.19072785X-RAY DIFFRACTION100
5.9259-7.46020.24031470.21112809X-RAY DIFFRACTION100
7.4602-44.16210.20131380.1942881X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1773.2723-3.35265.3565-6.46078.08050.8771-2.07461.21552.1957-0.50260.899-1.99271.0895-0.621.5741-0.2640.21760.7558-0.17090.6594-12.25630.8846-52.8208
24.22134.69272.8775.95161.01528.98920.5308-2.21690.02850.5384-0.66270.8376-1.2963-1.04660.17671.0953-0.03660.23430.6612-0.1670.6893-13.880632.1358-58.9498
38.27723.7271-4.24326.0782-2.20132.86610.1678-0.8087-0.20360.6103-0.40050.0974-0.43730.14370.24140.85630.1226-0.03080.4087-0.05630.4403-10.239227.9074-63.9636
46.34527.0745-7.31917.8475-6.53528.14970.1530.39690.4974-0.06220.24650.4032-0.3446-0.3671-0.35071.03310.1958-0.04840.5296-0.1130.6044-8.740825.526-79.7376
58.71244.52730.7396.88284.23753.3274-0.32810.1164-2.3545-0.5621-0.69490.5621.42850.52160.62871.1210.20810.14670.5851-0.09871.2747-4.683120.0772-73.4751
67.9214-4.20261.44042.98431.89582.02530.93020.7092-0.8344-0.7776-0.1830.34441.2463-0.342-0.89351.0207-0.0847-0.05040.6687-0.10870.7249-22.064217.5164-68.3573
74.91282.02831.56546.98141.1925.07090.0618-0.3370.03890.40750.07570.48960.2068-0.4703-0.0870.5867-0.0169-0.16550.38210.02750.43861.4931.7563-33.2862
83.34060.0396-0.40417.4306-4.78577.60680.16340.07480.16360.3067-0.3062-0.41760.15630.42450.14340.6961-0.0489-0.22160.4195-0.04770.469413.32335.1356-41.4962
91.2068-0.8369-0.25953.9687-1.82933.0334-0.01080.0483-0.34670.23490.0834-0.17670.4595-0.1379-0.08950.9319-0.0952-0.32090.4691-0.010.59286.0969-7.0903-43.7661
101.7367-2.07960.70777.5841-4.86392.31430.1672-0.2708-0.5282-0.27690.44841.10640.258-0.6283-0.53210.8992-0.2803-0.11131.0222-0.05960.8513-26.7636-0.2504-47.9383
114.605-5.9039-0.18898.3872.19556.823-0.737-0.6716-0.3781.23210.6351-0.37661.1850.69180.130.54450.1004-0.02220.58440.0150.607427.259530.036713.8529
129.3672-6.49542.58937.6743-4.75293.3752-0.1972-0.8595-0.82860.27660.4410.93410.5922-0.5830.11530.411-0.1140.01010.54170.02560.932621.260429.59459.4249
132.32980.5518-2.57235.99070.09839.69960.0394-0.17590.51840.1548-0.14120.0627-0.36560.1352-0.00080.31970.0751-0.12150.455-0.02760.620127.489641.83928.1226
142.06756.3139-7.07973.5463-4.06174.4958-0.0387-0.5415-0.1104-0.1014-0.254-0.02851.0878-0.42160.32210.71330.0142-0.17010.70030.03710.772919.425430.676520.6445
153.55631.9206-0.70965.5413-1.75754.11580.30720.7131.57831.29360.3094-0.1206-2.0242-1.0142-0.68370.62260.18470.07870.62130.07741.365421.023153.255810.0072
166.77452.897-5.63122.1856-2.52114.6840.79090.29781.9484-0.54190.64110.74820.7638-0.216-1.09490.67450.2657-0.0831.21270.26381.375415.492146.26096.2984
173.6056-0.65-3.6972.390.40763.9435-0.2575-0.3960.57991.6149-0.18722.44520.0427-3.01740.58170.80610.08060.32831.4391-0.01231.144110.459340.663923.3362
184.87814.85511.43534.93780.72959.2835-0.4288-1.5180.80980.1517-1.11371.0412-0.5672-1.50781.38310.52810.01430.03860.84650.08940.966920.267642.032125.1545
196.6815-0.2031-5.23842.47750.67548.9719-0.183-0.8844-0.76930.0651-0.19830.3771.0821-0.06250.40520.6217-0.1524-0.10890.80570.01910.51943.41671.39780.3462
203.36321.2730.38966.45713.34752.6424-0.36310.2635-0.0753-0.73720.25010.27760.0779-0.25480.07730.5266-0.063-0.11330.91020.03410.53897.335212.9533-12.3047
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238.740.16124.43416.26373.75866.70170.3353-1.1678-0.66821.35350.09850.6482.2557-0.8806-0.61271.6783-0.1127-0.0071.4531-0.04270.67558.5729-10.4975-59.2153
241.1945-0.2599-0.9325.7587-3.94264.1811-0.64340.84230.19311.64212.2013-1.3330.85151.2818-1.32960.85580.3042-0.22811.7291-0.62990.840968.6903-4.0339-63.3538
257.4848-2.29892.52847.77282.84517.4269-0.4245-1.9612-0.10210.66480.9741-1.25783.72410.7298-0.84021.87370.5951-0.45521.7256-0.24651.010171.9555-12.3738-58.9987
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275.8061-1.825-1.8115.98921.90652.2539-1.0187-1.96231.01821.82761.3785-1.40590.60643.3979-0.431.66690.6429-0.69812.5395-0.56391.758981.0935-8.6085-55.4528
287.6118-2.98292.35624.58562.04853.3121-0.6536-0.0571.20141.84071.8289-1.19551.1661.5655-1.04461.47560.8777-0.82452.933-1.4360.823976.0826-2.145-52.1146
294.9231-0.3554-3.74783.0655-0.10162.8075-0.2372-1.0948-0.964-1.5027-0.3087-0.26360.44381.40571.25772.24660.65-0.28872.00990.00391.189870.5556-17.5806-43.0837
303.2977-3.97431.52156.776-3.2746.41690.00410.51270.466-0.4959-0.1533-0.27570.58730.4661-0.08120.7902-0.0119-0.11760.5334-0.0620.474229.74162.502-39.3727
317.96660.4049-3.4148-0.0798-0.12729.7182-1.00570.0485-0.59710.33290.34590.22151.777-0.12270.80041.0375-0.0063-0.04980.64320.07550.668632.7465-5.9382-24.8573
325.52163.6435-5.89213.9315-2.64817.2823-0.41670.4186-0.1461-0.96170.0509-0.34320.46260.17120.38120.82260.2122-0.06760.7611-0.05420.433845.31797.8443-41.2327
332.50940.602-1.5521.7296-2.52543.2431-0.0582-0.37560.2368-0.27140.11840.28360.27650.0082-0.08160.63360.16-0.12460.8712-0.12680.495635.54459.7402-28.7452
343.2852-0.2627-3.1320.3221.84896.6593-0.0422-0.62290.1337-0.03380.4489-0.16650.46481.402-0.26870.67210.2587-0.08570.9826-0.16570.541749.04136.343-31.9583
352.9613-0.775-0.08981.82670.87243.28290.1861-0.4395-0.26370.0861-0.0244-0.23151.03340.5159-0.1960.85280.1587-0.07590.96790.02680.40136.63722.8524-13.0875
365.52517.0071-2.84598.7964-3.38372.2846-1.6887-0.8553-3.7239-0.06460.8082-1.66531.2169-0.20830.95621.72860.36980.16051.1325-0.17481.198442.8575-21.2676-16.4611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 125 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 126 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 152 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 133 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 134 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 292 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 293 through 355 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 31 through 48 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 49 through 61 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 62 through 92 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 93 through 107 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 108 through 125 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 126 through 137 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 138 through 146 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 147 through 152 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 44 through 132 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 133 through 181 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 182 through 281 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 282 through 355 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 34 through 61 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 62 through 78 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 79 through 92 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 93 through 107 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 108 through 125 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 126 through 133 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 134 through 145 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 41 through 83 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 84 through 109 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 110 through 161 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 162 through 201 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 202 through 253 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 254 through 291 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 292 through 318 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る