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- PDB-6ahw: Crystal structure of circular-permutated YibK methyltransferase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahw
タイトルCrystal structure of circular-permutated YibK methyltransferase from Haemophilus influenzae
要素circular-permutated tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / circular permutation
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Chuang, Y.C. / Lyu, P.C. / Hsu, S.T.D.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Untying a Protein Knot by Circular Permutation.
著者: Chuang, Y.C. / Hu, I.C. / Lyu, P.C. / Hsu, S.D.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: circular-permutated tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
B: circular-permutated tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4052
ポリマ－37,4052
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.716, 46.941, 55.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 163 / Label seq-ID: 2 - 163

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 circular-permutated tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmL


分子量: 18702.738 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-160,UNP residues 1-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
株: KW20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P44868, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M sodium acetate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→30 Å / Num. obs: 48195 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.66 Å2 / Net I/σ(I): 23.47
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Num. unique obs: 4806 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データスケーリング
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.348 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 2447 5.1 %RANDOM
Rwork0.19348 ---
obs0.19526 45747 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.56→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 0 230 2834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9713590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.96535884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96323.167120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.27115490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9551522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1172.8871294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1132.8861293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1834.3221614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1824.3221615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2723.2021370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2713.2011371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3674.6471977
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.61433.6312933
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.54833.2292888
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.19835197
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.1715144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.98555224
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9984 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.558→1.598 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 189 -
Rwork0.25 3279 -
obs--98.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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