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- PDB-5qtz: TGF-BETA RECEPTOR TYPE 1 KINASE DOMAIN (T204D) IN COMPLEX WITH 6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qtz
タイトルTGF-BETA RECEPTOR TYPE 1 KINASE DOMAIN (T204D) IN COMPLEX WITH 6-[1-(2,2-DIFLUOROETHYL)-4-(6-METHYLPYRIDIN-2-YL)-1H-IMIDAZOL-5-YL]IMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE
要素TGF-beta receptor type-1
キーワードTRANSFERASE / ALK5 / SB431542 / KINASE DOMAIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity ...extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / trophoblast cell migration / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / ventricular compact myocardium morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of tight junction disassembly / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / positive regulation of vasculature development / neuron fate commitment / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / regulation of epithelial to mesenchymal transition / type II transforming growth factor beta receptor binding / pharyngeal system development / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor protein serine/threonine kinase / activin binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / germ cell migration / filopodium assembly / coronary artery morphogenesis / embryonic cranial skeleton morphogenesis / activin receptor signaling pathway / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / response to cholesterol / I-SMAD binding / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / negative regulation of chondrocyte differentiation / lens development in camera-type eye / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / skeletal system morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / roof of mouth development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / epithelial to mesenchymal transition / regulation of protein ubiquitination / bicellular tight junction / endothelial cell migration / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / thymus development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of apoptotic signaling pathway / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / post-embryonic development / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / kidney development / cell motility / wound healing / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / UCH proteinases / nervous system development / heart development / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / receptor complex / regulation of cell cycle / endosome / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QMY / TGF-beta receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of BMS-986260, a Potent, Selective, and Orally Bioavailable TGF beta R1 Inhibitor as an Immuno-oncology Agent.
著者: Velaparthi, U. / Darne, C.P. / Warrier, J. / Liu, P. / Rahaman, H. / Augustine-Rauch, K. / Parrish, K. / Yang, Z. / Swanson, J. / Brown, J. / Dhar, G. / Anandam, A. / Holenarsipur, V.K. / ...著者: Velaparthi, U. / Darne, C.P. / Warrier, J. / Liu, P. / Rahaman, H. / Augustine-Rauch, K. / Parrish, K. / Yang, Z. / Swanson, J. / Brown, J. / Dhar, G. / Anandam, A. / Holenarsipur, V.K. / Palanisamy, K. / Wautlet, B.S. / Fereshteh, M.P. / Lippy, J. / Tebben, A.J. / Sheriff, S. / Ruzanov, M. / Yan, C. / Gupta, A. / Gupta, A.K. / Vetrichelvan, M. / Mathur, A. / Gelman, M. / Singh, R. / Kinsella, T. / Murtaza, A. / Fargnoli, J. / Vite, G. / Borzilleri, R.M.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月12日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.32021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7815
ポリマ－35,1651
非ポリマー6164
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.030, 76.890, 90.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ...TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ALK5 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TbetaR-I


分子量: 35165.473 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 200-503 / 変異: T204D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1, ALK5, SKR4 / プラスミド: PFASTBAC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QMY / 6-[1-(2,2-difluoroethyl)-4-(6-methylpyridin-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 339.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15F2N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 23%(w/v) PEG3350, 3%(v/v) glcyerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→45.17 Å / Num. obs: 26361 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 172994
反射 シェル解像度: 1.83→2.11 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 59956 / Num. unique all: 9005 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.411 / Rsym value: 0.349 / Net I/σ(I) obs: 5 / Rejects: 0 / % possible all: 98.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.3.5データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZM

3tzm


解像度: 1.83→21.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9532 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9411 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.117
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 1306 4.99 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.1705 26185 98.72 %-
原子変位パラメータBiso max: 87.98 Å2 / Biso mean: 24.26 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8476 Å20 Å20 Å2
2---3.7729 Å20 Å2
3---2.9252 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.212 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→21.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 43 187 2640
Biso mean--26.02 30.32 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d907SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes411HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2553HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion324SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3180SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2553HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3465HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.33
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.91 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 162 5.63 %
Rwork0.1873 2715 -
all0.1903 2877 -
obs--97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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