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- PDB-6ahq: Structure of the 40-167 fragment of FliL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahq
タイトルStructure of the 40-167 fragment of FliL
要素Flagellar protein FliL
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellar motor protein
機能・相同性Flagellar basal body-associated protein FliL / Flagellar basal body-associated protein FliL / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / plasma membrane / Flagellar protein FliL
機能・相同性情報
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.398 Å
データ登録者Takekawa, N. / Isumi, M. / Sakuma, M. / Kojima, S. / Homma, M. / Imada, K.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP15H02386 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16J01859 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18K19293 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP23115008 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP24117004 日本
引用ジャーナル: MBio / 年: 2019
タイトル: Structure ofVibrioFliL, a New Stomatin-like Protein That Assists the Bacterial Flagellar Motor Function.
著者: Takekawa, N. / Isumi, M. / Terashima, H. / Zhu, S. / Nishino, Y. / Sakuma, M. / Kojima, S. / Homma, M. / Imada, K.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar protein FliL
B: Flagellar protein FliL
C: Flagellar protein FliL
D: Flagellar protein FliL
E: Flagellar protein FliL
F: Flagellar protein FliL
G: Flagellar protein FliL
H: Flagellar protein FliL
I: Flagellar protein FliL
J: Flagellar protein FliL
K: Flagellar protein FliL
L: Flagellar protein FliL
M: Flagellar protein FliL
N: Flagellar protein FliL
O: Flagellar protein FliL
P: Flagellar protein FliL
Q: Flagellar protein FliL
R: Flagellar protein FliL
S: Flagellar protein FliL
T: Flagellar protein FliL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,51420
ポリマ－280,51420
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33500 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area87810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)162.139, 162.139, 302.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細Author determined biological unit: unknown.

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要素

#1: タンパク質
Flagellar protein FliL


分子量: 14025.714 Da / 分子数: 20 / 断片: periplasmic fragment, residues 60-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0P7ET86*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate pH 6.0, 25 % (w/v) PEG-200, 0.15M CaCl2, 1.4% (v/v) EtOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.398→91.3 Å / Num. obs: 54933 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 51.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.398→3.5 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 4467 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AHP

6ahp


解像度: 3.398→85.551 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 2715 4.95 %
Rwork0.1867 --
obs0.1895 54840 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.82 Å2 / Biso mean: 54.6049 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.398→85.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16591 0 0 0 16591
残基数----2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45222830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4736280
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3984-3.46020.33851320.25572739287198
3.4602-3.52670.30081270.23652730285799
3.5267-3.59870.34511430.23872736287999
3.5987-3.6770.26551450.22062726287199
3.677-3.76250.27481500.20272743289399
3.7625-3.85660.29011520.20272701285398
3.8566-3.96090.27111310.212742287398
3.9609-4.07740.25331370.18282724286198
4.0774-4.2090.22811370.17572733287098
4.209-4.35950.2231430.15982734287798
4.3595-4.5340.20511510.152724287598
4.534-4.74030.19491320.15042764289698
4.7403-4.99020.20291520.14662731288398
4.9902-5.30290.22621490.162750289998
5.3029-5.71220.24451620.18312743290598
5.7122-6.28690.25861510.20272743289497
6.2869-7.19620.23991430.21532766290997
7.1962-9.06490.20421420.172748289094
9.0649-85.57810.22351360.18232848298492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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