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- PDB-6ahd: The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ahd
タイトルThe Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein Sm ...) x 3
  • (Splicing factor 3A subunit ...) x 3
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 2
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 3
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Brr2, U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
  • Microfibrillar-associated protein 1
  • NHP2-like protein 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H
  • Pre-mRNA-processing factor 6
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Pre-mRNA-splicing factor 38A
  • SF3b145, Splicing factor 3B subunit 2
  • SF3b14a, Splicing factor 3B subunit 6
  • SF3b49, Splicing factor 3B subunit 4
  • SF3b5, Splicing factor 3B subunit 5
  • SmB
  • SmE
  • SmF
  • Small nuclear ribonucleoprotein G
  • Thioredoxin-like protein 4A
  • U2snRNA
  • U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
  • U4snRNA
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
  • U5snRNA
  • U6snRNA
  • Ubiquitin-like protein 5
  • WD40 repeat-containing protein SMU1
  • WW domain-binding protein 4
  • Zinc finger matrin-type protein 2
  • pre-mRNA
キーワードSPLICING / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding ...microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / box C/D sno(s)RNA binding / U11/U12 snRNP / U6 snRNP / PH domain binding / dense fibrillar component / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / box C/D methylation guide snoRNP complex / B-WICH complex / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / blastocyst formation / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / proline-rich region binding / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / P-body assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / SAGA complex / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U3 snoRNA binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / rRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / mRNA catabolic process / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA 3'-splice site recognition / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / pre-mRNA intronic binding / positive regulation of viral genome replication / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / regulation of DNA repair / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / maturation of SSU-rRNA
類似検索 - 分子機能
WD40 repeat-containing protein SMU1 / WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / : ...WD40 repeat-containing protein SMU1 / WW domain-binding protein 4 / Ubiquitin-like modifier Hub1/Ubl5 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / : / LisH-like dimerisation domain / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / C-terminal to LisH motif. / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / SF3B6, RNA recognition motif / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Sm-like protein Lsm4 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / SF3A2 domain / : / PRP1 splicing factor, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Zinc-finger of C2H2 type / Lissencephaly type-1-like homology motif / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / : / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H / Splicing factor 3B subunit 1 / WW domain-binding protein 4 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Microfibrillar-associated protein 1 / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Thioredoxin-like protein 4A / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / WD40 repeat-containing protein SMU1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Pre-mRNA-splicing factor 38A / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Zinc finger matrin-type protein 2 / Splicing factor 3B subunit 5 / Ubiquitin-like protein 5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Splicing factor 3B subunit 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhan, X. / Yan, C. / Zhang, X. / Shi, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2018
タイトル: Structures of the human pre-catalytic spliceosome and its precursor spliceosome.
著者: Xiechao Zhan / Chuangye Yan / Xiaofeng Zhang / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The pre-catalytic spliceosome (B complex) is preceded by its precursor spliceosome (pre-B complex) and followed by the activated spliceosome (B complex). The pre-B-to-B and B-to-B transitions are ...The pre-catalytic spliceosome (B complex) is preceded by its precursor spliceosome (pre-B complex) and followed by the activated spliceosome (B complex). The pre-B-to-B and B-to-B transitions are driven by the ATPase/helicases Prp28 and Brr2, respectively. In this study, we report the cryo-electron microscopy structures of the human pre-B complex and the human B complex at an average resolution of 5.7 and 3.8 Å, respectively. In the pre-B complex, U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) associate with two edges of the tetrahedron-shaped U4/U6.U5 tri-snRNP. The pre-mRNA is yet to be recognized by U5 or U6 small nuclear RNA (snRNA), and loop I of U5 snRNA remains unengaged. In the B complex, U1 snRNP and Prp28 are dissociated, the 5'-exon is anchored to loop I of U5 snRNA, and the 5'-splice site is recognized by U6 snRNA through duplex formation. In sharp contrast to S. cerevisiae, most components of U2 snRNP and tri-snRNP, exemplified by Brr2, undergo pronounced rearrangements in the human pre-B-to-B transition. Structural analysis reveals mechanistic insights into the assembly and activation of the human spliceosome.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.32020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.42021年6月30日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat / struct_ref / Item: _struct_ref.entity_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-9624
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
I: U4snRNA
B: U5snRNA
F: U6snRNA
G: pre-mRNA
O: Thioredoxin-like protein 4A
C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
N: Pre-mRNA-processing factor 6
M: NHP2-like protein 1
L: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
9: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
J: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
a: SmB
b: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
d: SmE
e: SmF
f: Small nuclear ribonucleoprotein G
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
E: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
X: WW domain-binding protein 4
W: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H
A0: Ubiquitin-like protein 5
0: Microfibrillar-associated protein 1
Z: Pre-mRNA-splicing factor 38A
8: Zinc finger matrin-type protein 2
Y: WD40 repeat-containing protein SMU1
H: U2snRNA
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
i: SmB
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
k: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
l: SmE
m: SmF
n: Small nuclear ribonucleoprotein G
o: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
p: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
u: Splicing factor 3A subunit 1
v: Splicing factor 3A subunit 2
w: Splicing factor 3A subunit 3
q: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
r: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
s: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
t: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
x: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
y: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
z: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
P: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
Q: SmE
R: SmF
S: Small nuclear ribonucleoprotein G
T: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
U: SmB
V: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
K: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
1: Splicing factor 3B subunit 1
3: Splicing factor 3B subunit 3
5: SF3b14a, Splicing factor 3B subunit 6
6: PHD finger-like domain-containing protein 5A
7: SF3b5, Splicing factor 3B subunit 5
2: SF3b145, Splicing factor 3B subunit 2
4: SF3b49, Splicing factor 3B subunit 4
D: Brr2, U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,671,16566
ポリマ－2,669,95763
非ポリマー1,2083
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 24種, 32分子 AOCNM9aiUdlQemRfnSEXWA00Z8Y56724D

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#6: タンパク質 Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP ...DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#7: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#8: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP- ...Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP-associated 102 kDa protein / U5-102 kDa protein


分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906
#9: タンパク質 NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 ...High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein SNU13 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#11: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6. ...SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 110 kDa protein


分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290
#13: タンパク質 SmB


分子量: 23686.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#16: タンパク質 SmE


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#17: タンパク質 SmF


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#18: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#20: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#21: タンパク質 WW domain-binding protein 4 / WBP-4 / Formin-binding protein 21 / WW domain-containing-binding protein 4


分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75554
#22: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H / PPIase H / Rotamase H / Small nuclear ribonucleoprotein particle-specific cyclophilin H / CypH / U- ...PPIase H / Rotamase H / Small nuclear ribonucleoprotein particle-specific cyclophilin H / CypH / U-snRNP-associated cyclophilin SnuCyp-20 / USA-CYP


分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43447, peptidylprolyl isomerase
#23: タンパク質 Ubiquitin-like protein 5


分子量: 8560.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZL1
#24: タンパク質 Microfibrillar-associated protein 1 / Spliceosome B complex protein MFAP1


分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55081
#25: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 38A


分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NAV1
#26: タンパク質 Zinc finger matrin-type protein 2


分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NC0
#27: タンパク質 WD40 repeat-containing protein SMU1 / Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog


分子量: 57616.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2TAY7
#44: タンパク質 SF3b14a, Splicing factor 3B subunit 6 / Spliceosome-associated protein / 14-kDa Splicing factor 3b / subunit 6


分子量: 14606.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B4
#45: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#46: タンパク質 SF3b5, Splicing factor 3B subunit 5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5, UniProt: O43172*PLUS
#47: タンパク質 SF3b145, Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435, UniProt: O75533*PLUS
#48: タンパク質 SF3b49, Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#49: タンパク質 Brr2, U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 IBFGH

#2: RNA鎖 U4snRNA


分子量: 46181.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340142
#3: RNA鎖 U5snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#4: RNA鎖 U6snRNA


分子量: 34404.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#5: RNA鎖 pre-mRNA


分子量: 87892.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#28: RNA鎖 U2snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097

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U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 LJK

#10: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP ...Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / hPrp31


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3
#12: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395
#41: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43172

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Small nuclear ribonucleoprotein Sm ... , 3種, 9分子 bjVckPghT

#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 op

#29: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661
#30: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579

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Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 uvw

#31: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459
#32: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 2 / SF3a66 / Spliceosome-associated protein 62 / SAP 62


分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428
#33: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 3 / SF3a60 / Spliceosome-associated protein 61 / SAP 61


分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874

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U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 qrstxyz

#34: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Protein G7b / Small nuclear ribonuclear protein D homolog / snRNP core Sm-like protein Sm-x5


分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y333
#35: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3


分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62310
#36: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / Glycine-rich protein / GRP


分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Z0
#37: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Y9
#38: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62312
#39: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK45
#40: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95777

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Splicing factor 3B subunit ... , 2種, 2分子 13

#42: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Prp4 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#43: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / SF3b155 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393

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非ポリマー , 3種, 3分子

#50: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H18O24P6 / 参照: UniProt: Q15393*PLUS
#51: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O14P3 / 参照: UniProt: Q9Y3B4*PLUS / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#52: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / 参照: UniProt: Q13435*PLUS

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Pre-catalytic spliceosome (B complex) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#47 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137853 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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