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- PDB-6agt: Crystal structure of PfKRS complexed with chromone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agt
タイトルCrystal structure of PfKRS complexed with chromone inhibitor
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/INHIBITOR / KRS / CHROMONE INHIBITOR / AMINOACYLATION / ATP BINDING PROTEIN / LIGASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / tRNA binding / mitochondrion / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9X0 / : / FORMIC ACID / LYSINE / MALONIC ACID / Lysine--tRNA ligase / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.953 Å
データ登録者Yogavel, M. / Sharma, A. / Sharma, A. / Baragana, B. / Walpole, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1032548 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Lysyl-tRNA synthetase as a drug target in malaria and cryptosporidiosis.
著者: Baragana, B. / Forte, B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Bueren-Calabuig, J.A. / Pisco, J.P. / Peet, C. / Dranow, D.M. / Robinson, D.A. / Jansen, C. / Norcross, N.R. / Vinayak, S. / ...著者: Baragana, B. / Forte, B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Bueren-Calabuig, J.A. / Pisco, J.P. / Peet, C. / Dranow, D.M. / Robinson, D.A. / Jansen, C. / Norcross, N.R. / Vinayak, S. / Anderson, M. / Brooks, C.F. / Cooper, C.A. / Damerow, S. / Delves, M. / Dowers, K. / Duffy, J. / Edwards, T.E. / Hallyburton, I. / Horst, B.G. / Hulverson, M.A. / Ferguson, L. / Jimenez-Diaz, M.B. / Jumani, R.S. / Lorimer, D.D. / Love, M.S. / Maher, S. / Matthews, H. / McNamara, C.W. / Miller, P. / O'Neill, S. / Ojo, K.K. / Osuna-Cabello, M. / Pinto, E. / Post, J. / Riley, J. / Rottmann, M. / Sanz, L.M. / Scullion, P. / Sharma, A. / Shepherd, S.M. / Shishikura, Y. / Simeons, F.R.C. / Stebbins, E.E. / Stojanovski, L. / Straschil, U. / Tamaki, F.K. / Tamjar, J. / Torrie, L.S. / Vantaux, A. / Witkowski, B. / Wittlin, S. / Yogavel, M. / Zuccotto, F. / Angulo-Barturen, I. / Sinden, R. / Baum, J. / Gamo, F.J. / Maser, P. / Kyle, D.E. / Winzeler, E.A. / Myler, P.J. / Wyatt, P.G. / Floyd, D. / Matthews, D. / Sharma, A. / Striepen, B. / Huston, C.D. / Gray, D.W. / Fairlamb, A.H. / Pisliakov, A.V. / Walpole, C. / Read, K.D. / Van Voorhis, W.C. / Gilbert, I.H.
履歴
登録2018年8月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,29124
ポリマ－234,8284
非ポリマー2,46320
水9,800544
1
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,63912
ポリマ－117,4142
非ポリマー1,22510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area39240 Å2
手法PISA
2
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,65212
ポリマ－117,4142
非ポリマー1,23810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.761, 104.336, 100.594
Angle α, β, γ (deg.)89.880, 69.570, 61.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 58706.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFNF54_04763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W7JP72, UniProt: Q8IDJ8*PLUS, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 564分子

#2: 化合物
ChemComp-9X0 / N-(cyclohexylmethyl)-4-oxo-4H-1-benzopyran-2-carboxamide


分子量: 285.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19NO3
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 2%(v/v) Tascimate pH 6.0, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 166896 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.326 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.984.40.60383830.9220.3230.6850.70396.8
1.98-2.024.40.44883330.9540.240.5090.71696.9
2.02-2.064.40.53983550.9010.2920.6141.01797
2.06-2.14.40.41483400.9270.2260.4721.2196.8
2.1-2.154.40.2983630.9660.1550.3290.83497.4
2.15-2.24.40.24884430.9770.1330.2820.87897.4
2.2-2.254.30.28982890.9590.1610.3321.9196.8
2.25-2.314.40.23284030.9820.1250.2641.09497.6
2.31-2.384.40.16684310.9880.0890.1891.0597.8
2.38-2.464.40.1584220.9880.0810.1711.16697.8
2.46-2.544.40.12884520.990.0690.1461.26797.9
2.54-2.654.40.11784130.9910.0630.1331.47798.1
2.65-2.774.40.10884610.990.0590.1231.66298.1
2.77-2.914.40.08184890.9940.0440.0921.68298.3
2.91-3.14.30.07584350.9940.0410.0861.75998.1
3.1-3.334.30.06484140.9950.0360.0731.88797.7
3.33-3.674.20.05883310.9960.0320.0671.84496.5
3.67-4.24.20.04981990.9960.0280.0571.69195
4.2-5.294.20.04481230.9970.0250.051.46494.6
5.29-504.10.03978170.9980.0220.0451.35190.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PG3

4pg3


解像度: 1.953→31.902 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 8326 5.02 %
Rwork0.2027 --
obs0.2048 165823 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.97 Å2 / Biso mean: 45.64 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.953→31.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15789 0 118 544 16451
Biso mean--36.66 38.15 -
残基数----1989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15722691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2266324
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9526-1.97480.33722520.27734973522591
1.9748-1.9980.30952770.27545332560997
1.998-2.02240.34192740.2675255552997
2.0224-2.0480.32312860.27545259554596
2.048-2.07490.39562720.3855187545995
2.0749-2.10330.33693060.28795185549196
2.1033-2.13340.30142750.24255380565597
2.1334-2.16520.2732600.23215266552697
2.1652-2.1990.26152790.23745386566597
2.199-2.23510.33832440.28545013525792
2.2351-2.27360.42092780.3734908518690
2.2736-2.31490.28312880.23445271555997
2.3149-2.35940.29192860.22795346563298
2.3594-2.40760.27622950.21855312560798
2.4076-2.45990.26522900.21795334562498
2.4599-2.51710.25122880.2175364565298
2.5171-2.580.25252980.21585302560098
2.58-2.64980.29852830.23915356563998
2.6498-2.72770.33152760.24185370564698
2.7277-2.81570.28032990.22545371567098
2.8157-2.91630.26212960.21555315561198
2.9163-3.03290.26482750.21995421569698
3.0329-3.17090.22662600.20935362562298
3.1709-3.33790.27462640.21355312557698
3.3379-3.54670.24092410.19815320556197
3.5467-3.82020.22682740.18355221549596
3.8202-4.20380.21292920.16375199549195
4.2038-4.81040.15262870.13345170545795
4.8104-6.05380.17112760.155083535993
6.0538-31.90620.18092550.15054924517990

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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