PDB-6agm: Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6agm

タイトル

Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli

要素

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) / Escherichia coli / aromatic amino acid biosynthesis / feedback inhibition / allosteric regulation.

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cui, D. / Qi, J. / Wen, T.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli.
著者: Cui, D. / Deng, A. / Bai, H. / Yang, Z. / Liang, Y. / Liu, Z. / Qiu, Q. / Wang, L. / Liu, S. / Zhang, Y. / Shi, Y. / Qi, J. / Wen, T.

履歴

登録	2018年8月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6agm.cif.gz	504 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6agm.ent.gz	417.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6agm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6agm_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6agm_full_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示
XML形式データ	6agm_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	6agm_validation.cif.gz	68.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aglC 1qr7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hfb-3 5mrj-d 3tyx-d 1ofo-d 3w7i-d 3v3s-d 1of6-2 1of6-4 3w1u-d 3w7p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

ヘテロ分子

C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

ヘテロ分子

D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.189, 133.859, 87.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Tyr-sensitive / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase 分子量: 38774.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: aroF, b2601, JW2582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00888, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 16% PEG 4000, 10% 2-propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 82353 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.036 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6902 / CC_1/2: 0.651 / R_pim(I) all: 0.368 / R_sym value: 0.788

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QR7

1qr7

解像度: 2→38.207 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	4111	5 %
R_work	0.1933	-	-
obs	0.195	82301	96.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.207 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10232	0	0	282	10514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	14104
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.479	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9937-2.0172	0.3577	95	0.2995	2053	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0172-2.0418	0.324	113	0.2887	2300	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0418-2.0676	0.2963	117	0.2775	2382	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0676-2.0948	0.3215	134	0.2736	2494	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0948-2.1235	0.2926	148	0.2731	2537	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1235-2.1539	0.3323	161	0.2769	2590	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1539-2.186	0.3109	123	0.2627	2697	X-RAY DIFFRACTION	97
2.186-2.2202	0.2651	149	0.2503	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2202-2.2566	0.279	139	0.242	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2566-2.2955	0.259	145	0.242	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2955-2.3372	0.302	128	0.2383	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3372-2.3822	0.2621	125	0.2326	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4308	0.2468	153	0.2292	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4308-2.4836	0.3011	167	0.2332	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4836-2.5414	0.2982	164	0.2263	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5414-2.6049	0.2669	163	0.2287	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6049-2.6753	0.2543	139	0.2271	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6753-2.754	0.2629	146	0.2254	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.754-2.8429	0.241	148	0.233	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8429-2.9445	0.2731	147	0.2335	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9445-3.0623	0.2497	130	0.2256	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0623-3.2016	0.2688	131	0.2189	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2016-3.3703	0.2551	152	0.2064	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3703-3.5813	0.2352	150	0.187	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5813-3.8576	0.2188	158	0.1796	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8576-4.2454	0.2052	156	0.1538	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2454-4.8586	0.1666	151	0.15	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8586-6.1173	0.207	138	0.1701	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1173-38.214	0.1665	141	0.1505	2842	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7133	0.0898	-0.2579	0.8225	0.1698	0.7442	0.0316	0.0556	0.1238	-0.0872	-0.011	0.0596	-0.0412	-0.0247	0.271	-0.0059	-0.0216	0.2519	-0.0053	0.2565	1.3286	17.7391	102.7374
2	1.5447	0.3719	-0.095	0.6576	-0.0677	0.9467	0.035	-0.0306	0.07	0.0932	0.0217	0.0641	0.0864	-0.0878	0.3502	0.0226	0.0155	0.338	0.013	0.3378	-25.263	55.7904	119.2073
3	1.0755	-0.3369	0.1767	1.9543	-0.3092	0.8994	0.0269	0.0417	-0.0669	-0.1441	-0.0116	-0.0489	0.0986	-0.0145	0.2992	-0.0029	0.0223	0.2949	-0.0033	0.3088	-18.9992	53.1506	74.6699
4	0.7507	0.3621	0.0979	1.2887	-0.2555	0.6112	-0.0281	0.0341	0.0423	0.1582	0.0421	-0.0129	-0.1585	-0.0419	0.3897	0.0326	-0.0063	0.3783	0.0022	0.3342	5.9427	20.3068	147.6963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 350 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 10 through 350 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 10 through 350 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 10 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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