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- PDB-6ag0: The X-ray Crystallographic Structure of Maltooligosaccharide-form... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ag0
タイトルThe X-ray Crystallographic Structure of Maltooligosaccharide-forming Amylase from Bacillus stearothermophilus STB04
要素Alpha-amylase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Maltotetraose-forming amylase / Bacillus stearothermophilus STB04
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / Alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, Z.F. / Li, Y.L. / Ban, X.F. / Zhang, C.Y. / Jin, T.C. / Xie, X.F. / Gu, Z.B. / Li, C.M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31722040 中国
National Natural Science Foundation of China31571882 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a maltooligosaccharide-forming amylase from Bacillus stearothermophilus STB04.
著者: Xie, X. / Li, Y. / Ban, X. / Zhang, Z. / Gu, Z. / Li, C. / Hong, Y. / Cheng, L. / Jin, T. / Li, Z.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.formula_weight / _struct.title
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
C: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,58021
ポリマ－123,1572
非ポリマー7,42219
水5,909328
1
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,61311
ポリマ－61,5791
非ポリマー4,03410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,96710
ポリマ－61,5791
非ポリマー3,3889
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 81.820, 88.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-amylase / Maltohexaose-forming amylase


分子量: 61578.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWY6, alpha-amylase
#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 60% MPD,150 mM NaCl, 1 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日 / 詳細: MD2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.189 Å / Num. obs: 53147 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.06121 / Rrim(I) all: 0.1576 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.039 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 5332 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.4446 / Rrim(I) all: 1.132 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KVX

1kvx


解像度: 2.2→42.189 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 2657 5 %random selection
Rwork0.1673 ---
obs0.1701 53124 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7801 0 492 328 8621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09311736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.174582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.35761390.27272636X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.28310.33491400.26542667X-RAY DIFFRACTION100
2.2831-2.32970.32231390.24172640X-RAY DIFFRACTION100
2.3297-2.38030.32741390.23272634X-RAY DIFFRACTION100
2.3803-2.43570.29281400.21572651X-RAY DIFFRACTION100
2.4357-2.49660.33521380.21872623X-RAY DIFFRACTION100
2.4966-2.56410.29981390.21442643X-RAY DIFFRACTION100
2.5641-2.63950.25991390.21262661X-RAY DIFFRACTION100
2.6395-2.72470.27331390.20232643X-RAY DIFFRACTION100
2.7247-2.82210.27771390.19082645X-RAY DIFFRACTION100
2.8221-2.9350.25071410.19412666X-RAY DIFFRACTION100
2.935-3.06860.28151380.18482624X-RAY DIFFRACTION100
3.0686-3.23030.22081400.172672X-RAY DIFFRACTION100
3.2303-3.43260.23191410.15212658X-RAY DIFFRACTION100
3.4326-3.69750.19641410.14472669X-RAY DIFFRACTION100
3.6975-4.06930.16931390.12372661X-RAY DIFFRACTION100
4.0693-4.65750.14211400.11262674X-RAY DIFFRACTION100
4.6575-5.86550.16941420.13442682X-RAY DIFFRACTION100
5.8655-42.19710.17641440.15792718X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.4553 Å / Origin y: 10.8694 Å / Origin z: 63.7266 Å
111213212223313233
T0.2633 Å2-0.015 Å20.0099 Å2-0.2111 Å2-0.0273 Å2--0.2695 Å2
L0.8232 °2-0.0537 °20.2102 °2-0.0001 °2-0.1022 °2--0.4152 °2
S-0.0166 Å °0.0881 Å °0.0274 Å °-0.0088 Å °-0.0056 Å °-0.0028 Å °0.0051 Å °-0.0138 Å °0.0241 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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