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- PDB-6aez: Crystal structure of human CCL5 trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aez
タイトルCrystal structure of human CCL5 trimer
要素(C-C motif chemokine 5) x 2
キーワードCYTOKINE / CCL5 / RANTES / Chemokine / Oligomer / dimer / CC-type
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine receptor antagonist activity / activation of phospholipase D activity / positive regulation of cellular biosynthetic process / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine receptor antagonist activity / activation of phospholipase D activity / positive regulation of cellular biosynthetic process / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of activation of Janus kinase activity / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / phosphatidylinositol phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / neutrophil activation / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / dendritic cell chemotaxis / regulation of T cell activation / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of viral genome replication / phospholipase activator activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / exocytosis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell adhesion / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T cell migration / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / neutrophil chemotaxis / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to virus / response to toxic substance / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / chemotaxis / : / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Chen, Y.C. / Li, K.M. / Chen, P.J. / Zarivach, R. / Sun, Y.J. / Sue, S.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)106-2113-M-007 -020 - 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2113-M-007 -011 - 台湾
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Integrative Model to Coordinate the Oligomerization and Aggregation Mechanisms of CCL5.
著者: Chen, Y.C. / Chen, S.P. / Li, J.Y. / Chen, P.C. / Lee, Y.Z. / Li, K.M. / Zarivach, R. / Sun, Y.J. / Sue, S.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2018
タイトル: Human CCL5 trimer: expression, purification and initial crystallographic studies.
著者: Chen, Y.C. / Li, K.M. / Zarivach, R. / Sun, Y.J. / Sue, S.C.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 5
B: C-C motif chemokine 5
C: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4729
ポリマ－23,8963
非ポリマー5766
水3,495194
1
B: C-C motif chemokine 5
C: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子

B: C-C motif chemokine 5
C: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子

A: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子

A: C-C motif chemokine 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,94418
ポリマ－47,7916
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_445-x-1/2,y-1/2,-z+1/41
Buried area6510 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.556, 56.556, 154.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-266-

HOH

21C-249-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERAA6 - 656 - 65
21SERSERSERSERBB6 - 656 - 65
12SERSERMETMETAA6 - 686 - 68
22SERSERMETMETCC6 - 686 - 68
13PROPROSERSERBB3 - 653 - 65
23PROPROSERSERCC3 - 653 - 65

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL ASSEMBLY: UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 7951.170 Da / 分子数: 2 / 変異: E67S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The CCL5 trimer was prepared by mixing native protein (E67) and mutant (S67) with molar ratio of 1:2.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13501
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 5 / EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific ...EoCP / Eosinophil chemotactic cytokine / SIS-delta / Small-inducible cytokine A5 / T cell-specific protein P228 / TCP228 / T-cell-specific protein RANTES


分子量: 7993.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL5, D17S136E, SCYA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13501
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5, 16% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→53.09 Å / Num. obs: 30546 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 48.73
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.889

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQT monomer

1eqt


解像度: 1.63→53.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.531 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22844 1504 4.9 %RANDOM
Rwork0.20127 ---
obs0.2026 28967 94.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.535 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.54 Å20 Å20 Å2
2---1.54 Å2-0 Å2
3---3.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→53.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1580 0 30 194 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.481.9642268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3833460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4865196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25621.6971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82915268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3491515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3242.143780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3242.145779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3283.198971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3273.196972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5882.777882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0972.655857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6783.7771258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.38128.011889
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.1626.8661842
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A34680.11
12B34680.11
21A35980.15
22C35980.15
31B35420.14
32C35420.14
LS精密化 シェル解像度: 1.631→1.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 72 -
Rwork0.356 1483 -
obs--66.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81750.0381.55370.6917-0.10333.16790.0576-0.0350.0802-0.0177-0.0714-0.0909-0.1407-0.00950.01390.11460.0214-0.00310.10580.00790.0218-15.862632.366211.6922
23.35450.3288-0.98450.9651-0.23891.1056-0.05340.1306-0.3826-0.0516-0.0663-0.11420.0985-0.12960.11970.08080.0199-0.01120.0803-0.02130.0687-16.001811.22314.1798
31.4010.7150.61350.50550.01651.56030.05710.0509-0.269-0.06430.0422-0.0448-0.02020.105-0.09930.20550.0337-0.02080.12190.02230.33585.62217.5042-8.3545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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