PDB-6aes: Crystal structure of Nucleoside diphosphate kinase from Pseudomon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aes

タイトル

Crystal structure of Nucleoside diphosphate kinase from Pseudomonas aeruginosa at 3.55 A resolution.

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Sikarwar, J. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Nucleoside diphosphate kinase from Pseudomonas aeruginosa at 3.55 A resolution.
著者: Sikarwar, J. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2018年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aes.cif.gz	224.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aes.ent.gz	182 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aes_validation.pdf.gz	496.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aes_full_validation.pdf.gz	539.2 KB	表示
XML形式データ	6aes_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	6aes_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6aes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6aes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yolS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a55-d 3a54-d 1wvj-1 5yih-d 6yk4-1 2efb-1 1w96-2 3c35-d 5ejd-6 5nih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

125 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.5 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.566, 70.875, 71.097
Angle α, β, γ (deg.)	99.60, 109.12, 90.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase 分子量: 15612.785 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G5LIK5, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Sodium Malonate, 20% PEG 3350, PH-8.0. / PH範囲: 5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→45.98 Å / Num. obs: 14065 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 18.6 % / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 3.55→3.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1005 / R_sym value: 0.75 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YOL

5yol

解像度: 3.55→45.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.843 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8 / SU B: 42 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33174	741	5 %	RANDOM
R_work	0.28622	-	-	-
obs	0.28852	14065	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	3.41 Å²	0.61 Å²
2-	-	-0.93 Å²	-0.47 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.55→45.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8752	0	0	7	8759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.652	11936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	1.639	19292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.702	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.806	21.333	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.314	15	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.269	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.833	11.125	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.832	11.124	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.962	16.661	5696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.961	16.663	5697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.369	11.865	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.361	11.862	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.412	17.551	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	19.594		35436
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	19.594		35436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1086	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.13
1	A	1092	TIGHT POSITIONAL	0.48	0.13
1	A	1092	TIGHT POSITIONAL	0.4	0.13
1	A	1092	TIGHT POSITIONAL	0.46	0.13
1	A	1089	TIGHT POSITIONAL	0.81	0.13
1	A	1083	TIGHT POSITIONAL	0.87	0.13
1	A	1089	TIGHT POSITIONAL	0.83	0.13
1	A	1089	TIGHT POSITIONAL	0.77	0.13
1	A	1089	TIGHT POSITIONAL	0.77	0.13
1	A	1088	TIGHT POSITIONAL	0.55	0.13
1	A	1092	TIGHT THERMAL	8.66	1.32
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.55	0.13
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.44	0.13
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.48	0.13
2	A	1088	TIGHT POSITIONAL	0.61	0.13
2	A	1088	TIGHT POSITIONAL	0.57	0.13
2	A	1088	TIGHT POSITIONAL	0.56	0.13
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.13
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.56	0.13
2	A	1094	TIGHT POSITIONAL	0.41	0.13
2	A	1089	TIGHT THERMAL	10.19	1.32
3	A	1094	TIGHT THERMAL	11.66	1.32
4	A	1088	TIGHT THERMAL	10.46	1.32
5	A	1094	TIGHT THERMAL	13.72	1.32
6	A	1094	TIGHT THERMAL	10.6	1.32
7	A	1094	TIGHT THERMAL	10.27	1.32
8	B	1087	TIGHT THERMAL	9.16	1.32
9	B	1092	TIGHT THERMAL	9.77	1.32
10	B	1086	TIGHT THERMAL	9.76	1.32
11	B	1092	TIGHT THERMAL	12.32	1.32
12	B	1092	TIGHT THERMAL	10.57	1.32
13	B	1092	TIGHT THERMAL	9.68	1.32
14	C	1089	TIGHT THERMAL	9.43	1.32
15	C	1083	TIGHT THERMAL	10.6	1.32
16	C	1089	TIGHT THERMAL	12.39	1.32
17	C	1089	TIGHT THERMAL	10.89	1.32
18	C	1089	TIGHT THERMAL	11.25	1.32
19	D	1088	TIGHT THERMAL	10	1.32
20	D	1094	TIGHT THERMAL	9.28	1.32
21	D	1094	TIGHT THERMAL	9.63	1.32
22	D	1094	TIGHT THERMAL	10.51	1.32
23	E	1088	TIGHT THERMAL	12.29	1.32
24	E	1088	TIGHT THERMAL	9.93	1.32
25	E	1088	TIGHT THERMAL	7.6	1.32
26	F	1094	TIGHT THERMAL	11.85	1.32
27	F	1094	TIGHT THERMAL	13.12	1.32
28	G	1094	TIGHT THERMAL	9.14	1.32

LS精密化シェル

解像度: 3.55→3.642 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	53	-
R_work	0.35	1005	-
obs	-	-	98.88 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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