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- PDB-6aem: Crystal structure of the PKD1 domain of Vibrio anguillarum Epp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aem
タイトルCrystal structure of the PKD1 domain of Vibrio anguillarum Epp
要素PKD domain
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protease / polycystic kidney disease domain
機能・相同性
機能・相同性情報


PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio anguillarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.272 Å
データ登録者Ma, Q. / Li, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
1000 talent program 中国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for specific calcium binding by the polycystic-kidney-disease domain of Vibrio anguillarum protease Epp
著者: Li, P. / Zang, K. / Li, Y. / Liu, C. / Ma, Q.
履歴
登録2018年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PKD domain
B: PKD domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2859
ポリマ－18,8782
非ポリマー4077
水3,405189
1
A: PKD domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6755
ポリマ－9,4391
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PKD domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6104
ポリマ－9,4391
非ポリマー1713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.096, 46.069, 41.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-103-

ZN

21A-232-

HOH

31A-233-

HOH

41B-236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PKD domain


分子量: 9439.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio anguillarum (バクテリア) / プラスミド: pETM11 vector (EMBL) / 細胞株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A383R4X5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE GENEBANK accession number is AQM04426.1 (sequence 756-838) for this sequence.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21mg/ml protein in 10 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 1 mM DTT was mixed with 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG8000 (w/v), 0.2 M zinc acetate in 1:1 volume ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.272→38.566 Å / Num. obs: 33927 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.272→1.277 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 308 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 1.001 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSNov 11, 2017, built on 20171111データ削減
Aimless(version 0.5.29), CCP4 7.0.026データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L9D

4l9d


解像度: 1.272→35.253 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 1705 5.03 %random
Rwork0.1508 ---
obs0.1526 33921 96.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.272→35.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1292 0 7 189 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1471860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.914478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2723-1.30970.30461270.26642554X-RAY DIFFRACTION93
1.3097-1.3520.27571440.24042619X-RAY DIFFRACTION95
1.352-1.40030.29351350.23712675X-RAY DIFFRACTION96
1.4003-1.45640.26741180.21582650X-RAY DIFFRACTION95
1.4564-1.52270.2251600.16962653X-RAY DIFFRACTION97
1.5227-1.6030.20891450.15162699X-RAY DIFFRACTION97
1.603-1.70340.18271390.14272668X-RAY DIFFRACTION96
1.7034-1.83490.19251330.1372723X-RAY DIFFRACTION98
1.8349-2.01960.18291510.13272737X-RAY DIFFRACTION99
2.0196-2.31170.16371300.12952726X-RAY DIFFRACTION98
2.3117-2.91230.1831550.14462748X-RAY DIFFRACTION99
2.9123-35.26620.15641680.14162764X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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