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- PDB-6aee: Crystal structure of the four Ig-like domains of LILRB1 complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aee
タイトルCrystal structure of the four Ig-like domains of LILRB1 complexed with HLA-G
要素
  • 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / leukocyte immunoglobulin-like receptor / immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway ...peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / cis-Golgi network membrane / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T cell tolerance induction / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / dendritic cell differentiation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of G0 to G1 transition / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of immune response / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of regulatory T cell differentiation / filopodium membrane / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / protein homotrimerization / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell cycle / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein localization to CENP-A containing chromatin / cellular defense response / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin organization / Packaging Of Telomere Ends / negative regulation of T cell proliferation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / positive regulation of defense response to virus by host / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / positive regulation of interleukin-12 production / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SH2 domain binding / negative regulation of angiogenesis / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / PRC2 methylates histones and DNA / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / RNA Polymerase I Promoter Escape / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of forebrain neuron differentiation / response to virus / NoRC negatively regulates rRNA expression
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Histone-fold / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / Histone H2A type 1-B/E / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / Beta-2-microglobulin / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.303 Å
データ登録者Wang, Q. / Song, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell. Mol. Immunol. / 年: 2019
タイトル: Structures of the four Ig-like domain LILRB2 and the four-domain LILRB1 and HLA-G1 complex.
著者: Wang, Q. / Song, H. / Cheng, H. / Qi, J. / Nam, G. / Tan, S. / Wang, J. / Fang, M. / Shi, Y. / Tian, Z. / Cao, X. / An, Z. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
B: Beta-2-microglobulin
C: 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x
D: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
E: Beta-2-microglobulin
F: 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x
G: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
H: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,4358
ポリマ－178,4358
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
B: Beta-2-microglobulin
C: 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x
G: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2174
ポリマ－89,2174
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
E: Beta-2-microglobulin
F: 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x
H: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2174
ポリマ－89,2174
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.683, 154.681, 98.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / HLA G antigen / MHC class I antigen G


分子量: 32046.559 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-300 / 変異: C42S, L110I, Q115R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-G / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17693
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9 Mer Peptide (RL9) From Histone H2A.x


分子量: 1148.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04908*PLUS
#4: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量: 44143.148 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / Variant (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A0A0G2JQ44, UniProt: Q8NHL6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M imidazole malate, 15%(w/v) PEG4000, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 29866 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.972 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 7.89
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Num. unique obs: 2993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DYP, 4LL9

2dyp

4ll9


解像度: 3.303→45.42 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1509 5.05 %
Rwork0.2203 --
obs0.2227 29866 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.303→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12038 0 0 0 12038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63116831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6937357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3029-3.40950.32051100.27432077X-RAY DIFFRACTION79
3.4095-3.53130.33121110.25522584X-RAY DIFFRACTION97
3.5313-3.67260.30321380.24752640X-RAY DIFFRACTION100
3.6726-3.83970.3311380.23892610X-RAY DIFFRACTION100
3.8397-4.0420.25931290.22452627X-RAY DIFFRACTION100
4.042-4.29510.27121430.20672627X-RAY DIFFRACTION100
4.2951-4.62640.25571340.19592644X-RAY DIFFRACTION100
4.6264-5.09140.22241630.19372617X-RAY DIFFRACTION100
5.0914-5.82690.2681570.21372610X-RAY DIFFRACTION100
5.8269-7.33620.28291300.23362658X-RAY DIFFRACTION100
7.3362-45.4240.22791560.21032663X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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