PDB-6ae2: Crystal structure of Csm3 of the type III-A CRISPR-Cas effector c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ae2

タイトル

Crystal structure of Csm3 of the type III-A CRISPR-Cas effector complex

要素

Csm3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Cas / Cas protein / crRNA / Csm complex

機能・相同性

CRISPR-associated RAMP Csm3 / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / endonuclease activity / RNA binding / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasma volcanium (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Numata, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Csm2 and Csm3 in the Type III-A CRISPR-Cas Effector Complex.
著者: Takeshita, D. / Sato, M. / Inanaga, H. / Numata, T.

履歴

登録	2018年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ae2.cif.gz	159.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ae2.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ae2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ae2_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ae2_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	6ae2_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	6ae2_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6ae2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6ae2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ae1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jum-3 4p0u-d 5eog-4 7c9o-d 5ygp-4 2czj-2 3kkd-2 6bhc-d 3gjn-d 5zs9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Csm3

B: Csm3

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.331, 78.331, 182.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Csm3 分子量: 27738.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (strain ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1) (古細菌) 株: ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1 / 遺伝子: TVG0114661 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97CJ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 180 mM di-ammonium tartrate, 18% (w/v) PEG 3350, 3% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9788 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16335 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 3.23 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 227320

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	14.2	0.466	767	2.986	1	100
2.75-2.8	14	0.44	812	2.972	1	100
2.8-2.85	14.1	0.375	789	2.934	1	100
2.85-2.91	14	0.329	808	3.028	1	100
2.91-2.97	14.2	0.243	782	3.063	1	100
2.97-3.04	14.2	0.214	799	3.104	1	100
3.04-3.12	14.2	0.185	805	3.1	1	100
3.12-3.2	14.2	0.159	798	3.044	1	100
3.2-3.3	14.2	0.131	824	3.062	1	100
3.3-3.4	14.3	0.116	803	3.051	1	100
3.4-3.52	14.3	0.107	795	3.098	1	100
3.52-3.66	14.3	0.085	819	3.015	1	100
3.66-3.83	14.2	0.068	811	3.09	1	99.9
3.83-4.03	14.2	0.058	810	3.05	1	100
4.03-4.29	14	0.053	832	3.166	1	100
4.29-4.62	13.8	0.047	835	3.185	1	100
4.62-5.08	13.9	0.042	820	2.947	1	99.9
5.08-5.81	13.8	0.046	844	3.202	1	100
5.81-7.32	13.3	0.045	872	3.432	1	99.9
7.32-50	11.4	0.041	910	6.399	1	95.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	39.46 Å
Translation	3 Å	39.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	10.2.31	位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.701→39.455 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	823	5.06 %
R_work	0.2111	-	-
obs	0.2128	16271	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.53 Å² / B_iso mean: 49.6898 Å² / B_iso min: 14.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.701→39.455 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2861	0	0	6	2867
B_iso mean	-	-	-	30.02	-
残基数	-	-	-	-	361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.592	3881
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.164	1764

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.701-2.8701	0.3035	146	0.2519	2482	2628	100
2.8701-3.0917	0.2765	123	0.2364	2537	2660	100
3.0917-3.4026	0.2812	144	0.2317	2539	2683	100
3.4026-3.8946	0.2333	142	0.2041	2556	2698	100
3.8946-4.9053	0.2046	131	0.1732	2599	2730	100
4.9053-39.459	0.2342	137	0.2237	2735	2872	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7188	0.0373	-0.0328	0.8958	0.6987	3.1031	0.0488	0.1071	0.1036	0.213	-0.0843	0.0199	-0.0284	0.0027	0.0253	0.1534	0.0185	-0.0042	0.1949	-0.0777	0.1663	15.6378	45.204	156.5587
2	3.0232	-0.6882	0.1991	2.1819	-0.0144	2.4964	0.2157	-0.2419	-0.0624	0.167	-0.0371	-0.2996	0.2974	0.3975	-0.0531	0.1904	0.0171	-0.0774	0.3469	-0.0775	0.2059	22.5701	40.3167	160.215
3	8.507	-2.4279	3.5046	8.0311	1.7851	3.3726	-0.9696	0.7455	0.0767	0.0773	0.8176	0.4758	-0.8892	-0.8053	0.3504	0.7841	0.2033	0.1359	1.1654	-0.0543	0.475	2.1362	50.8629	147.4786
4	1.4701	0.3772	0.2633	1.7843	1.1187	3.1338	0.2762	0.1536	-0.1072	0.1216	0.017	-0.0284	0.3261	0.3667	-0.015	0.1383	-0.0062	0.0166	0.2631	-0.0419	0.2208	20.8354	42.7444	153.4671
5	1.7777	0.4876	0.1551	0.688	1.0018	2.998	-0.1257	0.0783	0.4256	-0.0307	0.1362	-0.0847	-0.2694	0.0988	0.1753	0.3393	0.0798	-0.111	0.2127	-0.1036	0.2831	13.2457	35.4203	133.6282
6	1.2211	0.6361	-0.1545	2.8735	-0.5585	1.7983	-0.2168	-0.423	-0.141	0.0574	0.2551	-0.1434	0.703	-0.0847	-0.1915	0.4921	0.2591	-0.0731	0.3517	-0.0535	0.2076	19.1665	18.366	138.6653
7	1.6631	-0.1265	-1.4344	5.9671	0.8573	2.6745	-0.9196	1.0986	1.9912	-0.8308	0.2254	-0.0097	-2.3806	-0.5265	0.3352	1.3211	0.0403	-0.1318	0.5823	0.1577	0.7172	9.6879	45.2182	124.0705
8	2.0458	0.3791	0.6707	1.7172	0.9709	3.6461	0.0221	-0.3082	-0.0543	-0.0038	0.2374	-0.223	0.3366	0.1573	-0.0969	0.2377	0.1058	-0.0169	0.2284	-0.0623	0.2355	17.8174	26.5635	131.0607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:47)	A	5 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 48:112)	A	48 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:124)	A	113 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 125:216)	A	125 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 5:59)	B	5 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 60:112)	B	60 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 113:126)	B	113 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 127:216)	B	127 - 216

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関連情報:EMDBヘッダ

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