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Yorodumi- PDB-6ae1: Crystal structure of Csm2 of the type III-A CRISPR-Cas effector c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ae1 | ||||||
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Title | Crystal structure of Csm2 of the type III-A CRISPR-Cas effector complex | ||||||
Components | CRISPR-associated protein, TM1810 family | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Cas / Cas protein / crRNA / Csm complex | ||||||
Function / homology | CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / defense response to virus / RNA binding / CRISPR system Cms protein Csm2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus epidermidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.405 Å | ||||||
Authors | Numata, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2019 Title: Crystal Structures of Csm2 and Csm3 in the Type III-A CRISPR-Cas Effector Complex. Authors: Takeshita, D. / Sato, M. / Inanaga, H. / Numata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ae1.cif.gz | 109.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ae1.ent.gz | 89.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ae1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6ae1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6ae1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17795.746 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus epidermidis (bacteria) / Strain: ATCC 35984 / RP62A / Gene: SERP2460 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5HK90 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 180 mM Li2SO4, 90 mM HEPES-Na (pH 7.5), 22.5% (w/v) PEG3350, 10 mM sarcosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.97875 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 22, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97875 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 12646 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 84040 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.405→49.308 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.36
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.07 Å2 / Biso mean: 61.7128 Å2 / Biso min: 33.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.405→49.308 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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