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- PDB-6adi: Crystal Structures of IDH2 R140Q in complex with AG-881 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6adi
タイトルCrystal Structures of IDH2 R140Q in complex with AG-881
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis ...Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / peroxisome / NAD binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UO / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Ma, R. / Yun, C.H.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of pan-IDH inhibitor AG-881 in complex with mutant human IDH1 and IDH2
著者: Ma, R. / Yun, C.H.
履歴
登録2018年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9885
ポリマ－95,0822
非ポリマー1,9063
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area33350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.781, 118.419, 126.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial / IDH / ICD-M / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 47541.223 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 41-452 / 変異: R140Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48735, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-9UO / 6-(6-chloropyridin-2-yl)-N2,N4-bis[(2R)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]-1,3,5-triazine-2,4-diamine


分子量: 414.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13ClF6N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 64048 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 3936 / Rpim(I) all: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I96

5i96


解像度: 1.969→39.607 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 3089 5.06 %
Rwork0.2058 --
obs0.2069 61010 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.969→39.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 123 468 7120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0186881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6619341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1492492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3731012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9694-2.00020.2542960.23762063X-RAY DIFFRACTION77
2.0002-2.0330.27941570.24252447X-RAY DIFFRACTION94
2.033-2.0680.27021530.24172559X-RAY DIFFRACTION97
2.068-2.10560.24421500.23172595X-RAY DIFFRACTION99
2.1056-2.14610.27761330.23062674X-RAY DIFFRACTION100
2.1461-2.18990.26131600.21712593X-RAY DIFFRACTION100
2.1899-2.23760.2591120.21862686X-RAY DIFFRACTION100
2.2376-2.28960.25841300.21632641X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.34690.26651360.21972635X-RAY DIFFRACTION100
2.3469-2.41030.24111420.22242673X-RAY DIFFRACTION100
2.4103-2.48120.27571250.22622656X-RAY DIFFRACTION100
2.4812-2.56130.27711390.22092656X-RAY DIFFRACTION100
2.5613-2.65280.24081420.20862656X-RAY DIFFRACTION100
2.6528-2.7590.22261470.20982684X-RAY DIFFRACTION100
2.759-2.88450.22991510.20952656X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.03660.23121490.21922653X-RAY DIFFRACTION100
3.0366-3.22670.24141360.212702X-RAY DIFFRACTION100
3.2267-3.47570.21411620.19722656X-RAY DIFFRACTION100
3.4757-3.82530.20411240.18632728X-RAY DIFFRACTION100
3.8253-4.37820.17971340.17332733X-RAY DIFFRACTION100
4.3782-5.51370.17711540.17472731X-RAY DIFFRACTION100
5.5137-39.61490.19531570.20632844X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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