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- PDB-6ad9: Crystal Structure of PPARgamma Ligand Binding Domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ad9
タイトルCrystal Structure of PPARgamma Ligand Binding Domain in complex with dibenzooxepine derivative compound-9
要素
  • 12-mer peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PPARgamma Ligand Binding Domain Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / temperature homeostasis / response to lipid / response to muscle activity / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lncRNA binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / response to starvation / lipid homeostasis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / fatty acid oxidation / R-SMAD binding / response to dietary excess / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / adipose tissue development / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear retinoid X receptor binding / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / energy homeostasis / intracellular receptor signaling pathway / digestion / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KK4 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Takahashi, Y. / Suzuki, M. / Yamamoto, K. / Saito, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Development of Dihydrodibenzooxepine Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (PPAR) Gamma Ligands of a Novel Binding Mode as Anticancer Agents: Effective Mimicry of Chiral Structures ...タイトル: Development of Dihydrodibenzooxepine Peroxisome Proliferator-Activated Receptor (PPAR) Gamma Ligands of a Novel Binding Mode as Anticancer Agents: Effective Mimicry of Chiral Structures by Olefinic E/ Z-Isomers.
著者: Yamamoto, K. / Tamura, T. / Henmi, K. / Kuboyama, T. / Yanagisawa, A. / Matsubara, M. / Takahashi, Y. / Suzuki, M. / Saito, J.I. / Ueno, K. / Shuto, S.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 12-mer peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4523
ポリマ－33,9592
非ポリマー4931
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.730, 54.338, 66.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32693.824 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド 12-mer peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC1-alpha


分子量: 1265.627 Da / 分子数: 1 / 断片: LXLL motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-KK4 / 3-[(1E)-1-{8-[(4-methyl-2-propyl-1H-benzimidazol-1-yl)methyl]dibenzo[b,e]oxepin-11(6H)-ylidene}ethyl]-1,2,4-oxadiazol-5(4H)-one


分子量: 492.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 % / Mosaicity: 0.681 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.5M LiCl, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 28% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15196 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Χ2: 1.188 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 55697
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.283.70.61415041.0411100
2.28-2.373.70.52815051.041199.8
2.37-2.483.70.48215251.109199.7
2.48-2.613.70.41115011.128199.7
2.61-2.773.70.31115181.118199.9
2.77-2.993.70.2414961.126199.9
2.99-3.293.70.17515181.222199.8
3.29-3.763.70.11215281.33199.9
3.76-4.743.60.09215381.445199.9
4.74-503.50.07915631.318199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.29 Å41.22 Å
Translation2.29 Å41.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP10.2.12位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.22 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 762 5 %RANDOM
Rwork0.18451 ---
obs0.1874 14420 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å2-0.6 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 37 187 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.722.0192951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02735082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8985261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22525.38591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92815425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.942158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0942.551056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0832.5491055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2733.7971313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2763.7981314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7452.9121135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7442.9121136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4124.2141639
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.29420.7492688
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.29320.7512689
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 51 -
Rwork0.266 1062 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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