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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ac9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Vaccinia-related kinase 1 (VRK1) in complex with AMP-PNP | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase VRK1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Kinase / Vaccinia-related kinase / VRK1 / Adenosine triphosphate / ATP / AMP-PNP | ||||||
機能・相同性 | ![]() Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding ...Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ngow, Y.S. / Sreekanth, R. / Yoon, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human vaccinia-related kinase 1 in complex with AMP-PNP, a non-hydrolyzable ATP analog. 著者: Ngow, Y.S. / Rajan, S. / Ye, H. / Yoon, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41977.031 Da / 分子数: 4 変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 7種, 912分子 ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
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![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 27.5 % w/v PEG 3350, 0.2 M of ammonium sulfate, 0.1 M of HEPES (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→68 Å / Num. obs: 106113 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 32.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 5210 / CC1/2: 0.968 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.07→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.12 Å
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