PDB-6abt: Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6abt

タイトル

Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes

要素

PadR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Bacteria / PadR / transcription factor

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PadR family transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lee, C. / Hong, M.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structure-based molecular characterization and regulatory mechanism of the LftR transcription factor from Listeria monocytogenes: Conformational flexibilities and a ligand-induced regulatory mechanism.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Hong, M.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6abt.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6abt.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6abt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6abt_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6abt_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	6abt_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	6abt_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6abqSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h6e-d 3u2h-d 2o6p-d 1tfh-2 1bzq-3 6w3p-1 6gh8-2 1bzq-4 3b95-1 2i26-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: PadR family transcriptional regulator

A: PadR family transcriptional regulator

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.024, 67.024, 90.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	PadR family transcriptional regulator 分子量: 11346.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: C7K50_07245, CDR86_13565, LmNIHS28_00834 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L8DXR9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: with 0.2 M calcium acetate, 0.1 M cacodylate acid, pH 6.3, and 48 % polyethylene glycol 600

-
データ収集

回折

平均測定温度: 273 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.0003 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→58.04 Å / Num. obs: 5721 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 2.382 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.85	7.3	0.334	266	0.99	0.133	0.36	1.635	100
2.85-2.9	7.5	0.287	302	0.992	0.115	0.31	1.683	100
2.9-2.96	7.3	0.346	273	0.988	0.139	0.373	1.784	100
2.96-3.02	7.4	0.278	297	0.988	0.111	0.299	1.866	100
3.02-3.08	7.4	0.225	266	0.991	0.09	0.243	1.724	100
3.08-3.15	7.5	0.242	295	0.988	0.097	0.261	1.852	100
3.15-3.23	7.4	0.184	285	0.991	0.073	0.198	1.988	100
3.23-3.32	7.4	0.145	290	0.997	0.058	0.157	1.968	100
3.32-3.42	7.4	0.134	286	0.996	0.054	0.145	2.114	100
3.42-3.53	7.4	0.132	285	0.996	0.052	0.142	2.312	100
3.53-3.65	7.4	0.107	276	0.996	0.043	0.116	2.425	100
3.65-3.8	7.4	0.099	278	0.997	0.04	0.107	2.744	100
3.8-3.97	7.3	0.081	299	0.998	0.033	0.088	2.653	100
3.97-4.18	7.3	0.073	287	0.998	0.029	0.079	2.817	100
4.18-4.44	7.2	0.065	290	0.998	0.027	0.071	3.226	100
4.44-4.79	7.3	0.058	288	0.998	0.024	0.063	2.841	100
4.79-5.27	7.2	0.059	280	0.999	0.024	0.064	2.909	100
5.27-6.03	7.1	0.065	296	0.998	0.026	0.07	2.944	100
6.03-7.59	7	0.059	287	0.997	0.024	0.063	3.031	100
7.59-50	6.1	0.051	295	0.995	0.022	0.056	3.338	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ABQ

6abq

解像度: 2.8→58.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 42 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2883	295	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2553	-	-	-
obs	0.2573	5406	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 133.4 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 55.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.23 Å²	3.11 Å²	0 Å²
2-	-	6.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-20.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→58.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1523	0	0	4	1527
B_iso mean	-	-	-	67.75	-
残基数	-	-	-	-	196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.986	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.451	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.201	24.098	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.354	15	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.076	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1139

LS精密化シェル

解像度: 2.801→2.874 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	21	-
R_work	0.221	398	-
all	-	419	-
obs	-	-	99.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4428	-0.365	-7.1317	11.8835	-19.8924	39.6851	0.3884	-0.9455	0.6264	0.2562	0.7447	0.3713	-0.7778	-0.3481	-1.1331	0.5454	-0.0922	-0.063	0.8575	-0.2014	0.9676	-4.31	-17.472	0.7
2	4.6323	2.7773	4.0409	3.7849	5.0309	9.1144	-0.0833	0.7181	-0.6162	0.6301	-0.1614	-0.0685	1.2206	-0.4083	0.2448	0.3388	-0.2302	0.1612	0.3777	-0.0857	0.9964	1.296	-27.35	8.309
3	5.511	1.1282	-1.0678	5.0266	1.4359	6.4562	-0.3213	0.1567	0.1808	-0.3848	0.4537	-0.1337	-1.1574	-0.1797	-0.1324	0.333	-0.0262	0.0472	0.2884	-0.0202	0.8592	3.3	-18.486	12.633
4	9.0509	-0.4726	4.477	3.0655	0.2967	3.558	-0.4175	-0.1998	-0.0546	-0.3171	0.1251	0.0816	-0.5951	-0.0739	0.2925	0.1743	0.0256	0.0563	0.1424	0.0699	0.7999	-4.618	-22.249	13.567
5	11.4136	3.5546	3.655	2.806	10.7522	55.8744	-0.1811	0.3997	0.3812	-0.1617	-0.2743	0.099	-0.6297	-1.9835	0.4555	0.2425	0.0887	0.0356	0.2527	0.1105	0.9143	-20.497	-22.45	-5.944
6	23.6734	-10.0302	1.8391	30.6319	34.918	48.4458	0.3052	0.5658	0.9996	-0.1239	0.0395	-0.7392	-0.0011	0.4414	-0.3447	0.808	-0.1543	0.0398	0.7039	0.0286	1.1028	-12.982	-12.93	-11.069
7	7.7439	-5.4957	-5.501	6.2537	4.654	5.8024	-0.1714	0.7277	-0.2612	1.3227	-0.5158	0.2821	0.8456	-1.2434	0.6871	0.7356	-0.1149	0.1254	0.4763	-0.0657	1.1197	-24.318	-12.409	-18.806
8	4.2326	0.2429	-4.374	11.3366	-8.0974	20.9903	-0.5227	0.0054	0.0169	0.6482	0.3471	-0.2333	0.0992	0.8688	0.1756	0.5406	0.1545	0.102	0.1734	-0.0631	0.8931	-21.161	-6.358	-12.025
9	40.9707	-5.8372	-25.8348	1.1146	2.1157	25.02	-0.1194	0.2616	-0.0381	0.0774	-0.1927	-0.0907	-0.1937	0.7211	0.312	0.5721	-0.2118	-0.1288	0.1777	-0.0793	0.8646	-11.485	-7.338	-23.819
10	4.1186	-3.8019	2.7453	6.4553	-5.4764	7.6078	-0.0311	-0.156	-0.0162	-0.0193	-0.1364	-0.1915	0.164	0.233	0.1676	0.0078	0.0102	-0.0096	0.0505	-0.0927	0.7692	-15.893	-17.082	-20.025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	68 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	94 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	7 - 14
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	15 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	36 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	50 - 57
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	58 - 104

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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