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Yorodumi- PDB-6abt: Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6abt | |||||||||
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Title | Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes | |||||||||
Components | PadR family transcriptional regulator | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Bacteria / PadR / transcription factor | |||||||||
Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PadR family transcriptional regulator Function and homology information | |||||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Lee, C. / Hong, M. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2019 Title: Structure-based molecular characterization and regulatory mechanism of the LftR transcription factor from Listeria monocytogenes: Conformational flexibilities and a ligand-induced regulatory mechanism. Authors: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Hong, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6abt.cif.gz | 92.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6abt.ent.gz | 70.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6abt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6abt_validation.pdf.gz | 440.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6abt_full_validation.pdf.gz | 443.2 KB | Display | |
Data in XML | 6abt_validation.xml.gz | 9 KB | Display | |
Data in CIF | 6abt_validation.cif.gz | 11.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6abqSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11346.174 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: C7K50_07245, CDR86_13565, LmNIHS28_00834 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: L8DXR9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.3 Details: with 0.2 M calcium acetate, 0.1 M cacodylate acid, pH 6.3, and 48 % polyethylene glycol 600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 273 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 1.0003 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0003 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→58.04 Å / Num. obs: 5721 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 2.382 / Net I/σ(I): 11.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ABQ Resolution: 2.8→58.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 42 / SU ML: 0.401 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.4 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 55.74 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→58.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.801→2.874 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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