PDB-6abq: Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6abq

タイトル

Crystal structure of transcription factor from Listeria monocytogenes

要素

PadR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Bacteria / PadR / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Lee, C. / Hong, M.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structure-based molecular characterization and regulatory mechanism of the LftR transcription factor from Listeria monocytogenes: Conformational flexibilities and a ligand-induced regulatory mechanism.
著者: Lee, C. / Kim, M.I. / Park, J. / Hong, M.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6abq.cif.gz	105.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6abq.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6abq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6abq_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6abq_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6abq_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	6abq_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6abtC 4esfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l5m-d 5tpv-1 3bqo-d 6xw0-d 2ver-d 4a5u-d 3jci-d 3w9f-1 1z6d-d 4zu7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: PadR family transcriptional regulator

A: PadR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.955, 73.955, 66.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	PadR family transcriptional regulator 分子量: 12918.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: C7K50_07245, CDR86_13565, LmNIHS28_00834 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L8DXR9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, pH 5.5, and 30% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.0003 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→64 Å / Num. obs: 9616 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 1.81 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	7.3	0.075	458	0.995	0.03	0.081	2.038	100
2.34-2.38	7.2	0.071	482	0.996	0.028	0.077	2.078	100
2.38-2.43	7.3	0.069	464	0.996	0.027	0.074	1.936	100
2.43-2.48	7.2	0.064	477	0.996	0.025	0.068	1.894	100
2.48-2.53	7.3	0.063	473	0.998	0.025	0.068	1.861	100
2.53-2.59	7.2	0.063	464	0.997	0.025	0.068	1.889	100
2.59-2.66	7.2	0.059	499	0.998	0.023	0.064	1.91	100
2.66-2.73	7.2	0.056	461	0.998	0.022	0.06	1.858	100
2.73-2.81	7.3	0.054	466	0.998	0.021	0.058	1.802	100
2.81-2.9	7.2	0.052	482	0.998	0.021	0.056	1.826	100
2.9-3	7.2	0.05	492	0.998	0.02	0.054	1.77	100
3-3.12	7.2	0.047	462	0.998	0.019	0.051	1.868	100
3.12-3.26	7.2	0.043	479	0.999	0.017	0.047	1.678	100
3.26-3.44	7.1	0.042	492	0.998	0.017	0.045	1.747	100
3.44-3.65	7.1	0.039	474	0.998	0.016	0.042	1.696	100
3.65-3.93	7.1	0.037	491	0.999	0.015	0.04	1.612	100
3.93-4.33	7	0.037	492	0.998	0.015	0.04	1.705	100
4.33-4.95	6.9	0.036	491	0.999	0.015	0.039	1.561	100
4.95-6.24	6.8	0.038	508	0.998	0.016	0.041	1.553	100
6.24-50	5.8	0.041	509	0.997	0.019	0.046	1.932	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ESF

4esf

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2533	486	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2048	-	-	-
obs	0.2072	9111	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.13 Å² / B_iso mean: 25.591 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	2	129	1873
B_iso mean	-	-	13.43	10.38	-
残基数	-	-	-	-	217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	2.002	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.063	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.787	24.416	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.12	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.89	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1318

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	34	-
R_work	0.205	659	-
all	-	693	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4868	3.3257	1.5382	2.5095	0.7171	1.3982	-0.2116	0.0614	0.5582	0.1178	-0.031	0.305	0.109	0.0137	0.2425	0.2238	-0.0433	0.0027	0.1716	-0.0137	0.1254	24.029	95.91	0.959
2	4.3186	-0.2529	-0.134	1.5423	0.1572	2.621	-0.1925	0.2543	-0.0551	-0.1171	0.136	0.1165	0.0588	-0.1234	0.0564	0.0694	-0.0255	-0.0108	0.0383	0.0034	0.0128	36.427	105.356	-4.903
3	1.7934	-0.8436	0.2678	2.2494	-0.679	1.007	-0.0848	0.0549	0.0097	0.0454	0.0069	-0.0697	-0.0148	-0.0566	0.078	0.0724	-0.0158	-0.0035	0.0762	-0.0142	0.008	41.221	108.838	1.437
4	5.9284	6.3853	-1.4061	10.3952	-1.1633	1.09	0.0773	0.1403	-0.4463	0.1029	0.0358	-0.3851	-0.1383	0.0076	-0.1131	0.1194	0.02	0.0353	0.0638	-0.0139	0.1141	41.239	88.173	-2.49
5	7.9962	2.1469	2.6535	3.4168	-3.0612	5.9428	-0.1235	0.1954	-0.0938	-0.2524	0.1187	0.0022	0.1868	-0.0565	0.0047	0.1679	0.0276	-0.0336	0.0681	-0.0458	0.1671	27.338	77.877	-2.004
6	4.6625	-5.519	-4.2522	6.7971	4.2471	6.5119	0.0315	-0.0018	0.0287	0.0459	-0.1332	-0.0908	-0.3661	0.2621	0.1017	0.1117	-0.0094	-0.0269	0.1461	0.0277	0.107	36.936	87.583	7.505
7	6.2164	-1.0507	-0.5645	3.9233	-1.0029	3.7651	-0.1697	0.0087	-0.263	-0.0999	0.0466	-0.3971	0.1991	0.2917	0.1231	0.0548	0.0156	0.022	0.0316	-0.0084	0.0635	26.289	75.25	9.998
8	9.3558	-1.4623	0.2705	1.7917	-0.4774	1.0122	0.1124	-0.4638	0.118	-0.0315	-0.0594	-0.2832	0.0632	0.2645	-0.0529	0.1153	-0.0359	-0.0161	0.1199	-0.0142	0.0673	29.745	80.876	14.968
9	1.2413	0.3776	0.1402	4.4719	-3.624	4.7196	-0.0012	-0.0753	-0.1223	-0.0248	-0.0452	-0.0449	0.2455	0.0643	0.0464	0.047	0.0074	0.0016	0.0289	-0.0173	0.0478	17.77	76.407	14.299
10	10.4903	3.6162	-8.6296	1.3286	-3.2443	8.255	-0.1747	0.2239	-0.4688	-0.0738	0.033	-0.1095	0.0863	-0.1446	0.1416	0.1197	0.0189	0.0078	0.0767	-0.0055	0.081	28.738	91.987	-7.544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	82 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	100 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	10 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	37 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	57 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	91 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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