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- PDB-6abi: The apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Fusobacterium n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6abi
タイトルThe apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Fusobacterium nucleatum
要素D-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Sequential Allosteric Transitions in Tetrameric d-Lactate Dehydrogenases from Three Gram-Negative Bacteria
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
履歴
登録2018年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年9月19日ID: 3WWY
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-lactate dehydrogenase
B: D-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,08318
ポリマ－81,5782
非ポリマー1,50516
水5,441302
1
A: D-lactate dehydrogenase
B: D-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-lactate dehydrogenase
B: D-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,16636
ポリマ－163,1554
非ポリマー3,01132
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area25470 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area49220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.290, 116.290, 234.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 334 / Label seq-ID: 25 - 357

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 D-lactate dehydrogenase


分子量: 40788.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum (strain ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131) (バクテリア)
株: ATCC 25586 / CIP 101130 / JCM 8532 / LMG 13131 / 遺伝子: FN0511 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8RG11, D-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES-Na (pH 6.0) and 1.26 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.03 Å / Num. obs: 94385 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 13597 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.229 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
ADSCデータ収集
SCALAデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
MOLREP位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J49

1j49


解像度: 2.1→37.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.142 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21665 4714 5 %RANDOM
Rwork0.18643 ---
obs0.18793 89290 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→37.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5281 0 88 302 5671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.025433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1021.9847314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.375312228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3955661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9425.08250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.198151004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.6241526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3992.222653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3972.2192652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.353.3093311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.353.3113312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1222.7772780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1222.7772780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2353.9514004
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.66318.9696400
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.66218.9736401
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19857 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 379 -
Rwork0.26 6502 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

L23: -0.0473 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2863-0.0677-0.12870.0310.47790.0081-0.0403-0.04560.00330.01550.017-0.0467-0.011-0.02360.0155-0.01410.00880.06980.01770.085210.993234.614214.5496
20.0109-0.0355-0.01770.23790.34480.0232-0.0004-0.0001-0.0159-0.0031-0.0245-0.0557-0.0155-0.02020.088-0.00040.00030.00690.02110.068224.607849.2455-13.1564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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