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- PDB-6abh: Structure of a natural red emitting luciferase from Phrixothrix h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6abh
タイトルStructure of a natural red emitting luciferase from Phrixothrix hirtus (P1 crystal form)
要素Red-bioluminescence eliciting luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / Luciferase / Red emission
機能・相同性
機能・相同性情報


firefly luciferase / CoA-ligase activity / bioluminescence / monooxygenase activity / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold ...Rossmann fold - #980 / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Phrixothrix hirtus (甲虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Carrasco-Lopez, C. / Panjikar, S. / Naumov, P. / Rabeh, W.
資金援助United Arab Emirates, 1件
組織認可番号国
United Arab Emirates
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2018
タイトル: Beetle luciferases with naturally red- and blue-shifted emission.
著者: Carrasco-Lopez, C. / Ferreira, J.C. / Lui, N.M. / Schramm, S. / Berraud-Pache, R. / Navizet, I. / Panjikar, S. / Naumov, P. / Rabeh, W.M.
履歴
登録2018年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red-bioluminescence eliciting luciferase
B: Red-bioluminescence eliciting luciferase
C: Red-bioluminescence eliciting luciferase
D: Red-bioluminescence eliciting luciferase
E: Red-bioluminescence eliciting luciferase
F: Red-bioluminescence eliciting luciferase
G: Red-bioluminescence eliciting luciferase
H: Red-bioluminescence eliciting luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,6668
ポリマ－486,6668
非ポリマー00
水00
1
A: Red-bioluminescence eliciting luciferase
B: Red-bioluminescence eliciting luciferase
G: Red-bioluminescence eliciting luciferase
H: Red-bioluminescence eliciting luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,3334
ポリマ－243,3334
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Red-bioluminescence eliciting luciferase
D: Red-bioluminescence eliciting luciferase
E: Red-bioluminescence eliciting luciferase
F: Red-bioluminescence eliciting luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,3334
ポリマ－243,3334
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.697, 121.174, 129.443
Angle α, β, γ (deg.)61.86, 68.35, 74.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Red-bioluminescence eliciting luciferase


分子量: 60833.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phrixothrix hirtus (甲虫) / プラスミド: pET28 MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9U4U7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19-21% PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane (pH 6.0, supplemented with 0.2M ammonium sulfate)
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→48.762 Å / Num. obs: 98610 / % possible obs: 94.13 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.046 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 76451 / Num. unique obs: 14365 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.497 / Rrim(I) all: 1.163 / Rsym value: 1.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AAA

6aaa


解像度: 3.05→48.762 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 954 1.02 %
Rwork0.2404 --
obs0.2408 93729 94.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→48.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25451 0 0 0 25451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01226122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62235403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5939607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0724020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0498-3.21060.39491200.363313140X-RAY DIFFRACTION93
3.2106-3.41170.3681350.333113140X-RAY DIFFRACTION93
3.4117-3.6750.31581470.285313123X-RAY DIFFRACTION93
3.675-4.04470.31441300.24113203X-RAY DIFFRACTION93
4.0447-4.62960.28011500.207612935X-RAY DIFFRACTION92
4.6296-5.83120.24451350.210213430X-RAY DIFFRACTION95
5.8312-48.76840.24551370.211213804X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.616 Å / Origin y: 0.873 Å / Origin z: 7.791 Å
111213212223313233
T0.5197 Å2-0.0107 Å20.0271 Å2-0.5699 Å2-0.0428 Å2--0.6326 Å2
L0.1962 °20.1769 °2-0.0359 °2-0.6765 °2-0.1532 °2--0.0636 °2
S0.0944 Å °-0.0889 Å °-0.0182 Å °0.2105 Å °-0.0565 Å °0.1025 Å °0.0021 Å °-0.011 Å °-0.0357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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