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- PDB-6aav: Crystal structure of alpha-glucosyl transfer enzyme, XgtA at 1.72... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aav
タイトルCrystal structure of alpha-glucosyl transfer enzyme, XgtA at 1.72 angstrom resolution
要素Alpha-glucosyltransferase
キーワードHYDROLASE / alpha-glucosidase / glycoside hydrolase family 13 / Xanthomonas campestris WU-9701 / maltose / hydroquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily ...Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Kurumizaka, H. / Arimura, Y. / Kirimura, K. / Watanabe, R.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of alpha-glucosyl transfer enzyme XgtA from Xanthomonas campestris WU-9701.
著者: Watanabe, R. / Arimura, Y. / Ishii, Y. / Kirimura, K.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosyltransferase
B: Alpha-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,2702
ポリマ－121,2702
非ポリマー00
水10,935607
1
A: Alpha-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6351
ポリマ－60,6351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6351
ポリマ－60,6351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.071, 83.478, 180.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 3 through 537)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 537 / Label seq-ID: 9 - 543

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 3 through 537)AA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Alpha-glucosyltransferase


分子量: 60634.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: xgtA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76LB0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5 mM citrate phosphate buffer pH 7.0, 50 mM Tris-HCl buffer pH 8.2, 13%(w/v) PEG 10000
PH範囲: 7.0-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.861 Å / Num. obs: 118157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.72-1.7513.31.81957210.7030.5131.89198.7
9.42-48.8611.30.0358410.9990.0110.03799.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.72 Å48.86 Å
Translation1.72 Å48.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WY1

3wy1


解像度: 1.72→48.861 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 6005 5.09 %
Rwork0.2176 --
obs0.2195 117987 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.04 Å2 / Biso mean: 39.7297 Å2 / Biso min: 16.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→48.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8461 0 0 607 9068
Biso mean---37.02 -
残基数----1071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07611889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4895054
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5029X-RAY DIFFRACTION8.701TORSIONAL
12B5029X-RAY DIFFRACTION8.701TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.72-1.73960.32352180.329637193937
1.7396-1.760.35141750.324236663841
1.76-1.78150.37251970.314837243921
1.7815-1.8040.31032090.297436413850
1.804-1.82780.3092140.293737193933
1.8278-1.85280.33082020.281336453847
1.8528-1.87930.31581970.270637093906
1.8793-1.90730.29812170.269236643881
1.9073-1.93720.27232020.267836863888
1.9372-1.96890.30342170.272836733890
1.9689-2.00290.31041940.268237133907
2.0029-2.03930.33032190.268437003919
2.0393-2.07850.28111750.263637213896
2.0785-2.12090.29072000.255237013901
2.1209-2.16710.28351980.253937123910
2.1671-2.21750.33682090.252537163925
2.2175-2.27290.30621630.252437393902
2.2729-2.33440.27721760.250337293905
2.3344-2.40310.2772070.253737273934
2.4031-2.48060.32361930.249936973890
2.4806-2.56930.28682070.246737243931
2.5693-2.67210.28312020.246937473949
2.6721-2.79370.28572010.232337663967
2.7937-2.9410.28031800.235437613941
2.941-3.12530.25471970.225337593956
3.1253-3.36650.2372220.215737663988
3.3665-3.70520.2112010.197837633964
3.7052-4.24110.20542260.166437964022
4.2411-5.34220.19871970.164238464043
5.3422-48.88040.20341900.16240534243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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