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- PDB-6a9a: Ternary complex crystal structure of dCH with dCMP and THF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a9a
タイトルTernary complex crystal structure of dCH with dCMP and THF
要素Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / pyrimidine hydroxymethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Deoxycytidylate hydroxymethylase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / IODIDE ION / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, S.H. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: A cytosine modification mechanism revealed by the structure of a ternary complex of deoxycytidylate hydroxymethylase from bacteriophage T4 with its cofactor and substrate.
著者: Park, S.H. / Suh, S.W. / Song, H.K.
履歴
登録2018年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / computing / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls_group / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_number_measured_all / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3864
ポリマ－28,5061
非ポリマー8803
水4,594255
1
A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7718
ポリマ－57,0122
非ポリマー1,7596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.625, 75.226, 154.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / Deoxycytidylate hydroxymethylase / dCMP hydroxymethylase / dCMP HMase


分子量: 28506.178 Da / 分子数: 1 / 変異: C148S, D179N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 42 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
#4: 化合物 ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0, Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B5D

1b5d


解像度: 1.9→37.61 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 1994 8.13 %
Rwork0.153 --
obs0.155 24526 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 53 255 2317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.24041410.19511599X-RAY DIFFRACTION100
1.9475-2.00020.24971390.17061569X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.0590.22991380.16511561X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12550.21661430.15871609X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.20150.21041420.14671608X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.28960.18441410.14521590X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.39380.18641410.14091597X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.520.19261420.14871594X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.67780.181410.15791602X-RAY DIFFRACTION100
2.6778-2.88450.19211430.16271613X-RAY DIFFRACTION100
2.8845-3.17460.2021440.15271619X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.63370.18081430.1411628X-RAY DIFFRACTION100
3.6337-4.57680.14721440.13451627X-RAY DIFFRACTION99
4.5768-37.62040.17991520.16561716X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.4391 Å / Origin y: 10.214 Å / Origin z: 177.7826 Å
111213212223313233
T0.097 Å2-0.0041 Å20.0218 Å2-0.0943 Å20.0049 Å2--0.0884 Å2
L0.5041 °20.1897 °20.1895 °2-0.6044 °20.0745 °2--0.449 °2
S-0.0418 Å °0.0244 Å °0.0543 Å °-0.1067 Å °0.0037 Å °-0.0623 Å °-0.0527 Å °0.0624 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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