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- PDB-6a8r: Crystal structure of DUX4 HD2 domain associated with ERG DNA bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8r
タイトルCrystal structure of DUX4 HD2 domain associated with ERG DNA binding site
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*T)-3')
  • Double homeobox protein 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / acute lymphoblastic leukemia / DUX4/IGH / ERG binding site / TGAT repeat / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / apoptotic process / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix motif / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double homeobox protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dong, X. / Zhang, H. / Cheng, N. / Meng, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81770142 中国
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2019
タイトル: DUX4HD2-DNAERGstructure reveals new insight into DUX4-Responsive-Element.
著者: Dong, X. / Zhang, H. / Cheng, N. / Li, K. / Meng, G.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Double homeobox protein 4
A: Double homeobox protein 4
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4504
ポリマ－20,4504
非ポリマー00
水2,090116
1
B: Double homeobox protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8731
ポリマ－6,8731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Double homeobox protein 4
E: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5773
ポリマ－13,5773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.550, 32.550, 126.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Double homeobox protein 4 / Double homeobox protein 10


分子量: 6872.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4, DUX10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBX2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3412.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3292.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→63.3 Å / Num. obs: 19696 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Num. unique obs: 2803 / CC1/2: 0.76 / Rsym value: 0.912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5z2s, 5z2t

5z2s

5z2t


解像度: 1.6→28.189 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 999 5.09 %
Rwork0.2005 --
obs0.2008 19612 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数952 410 0 116 1478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2272026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.656808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6003-1.68470.34771570.28292566X-RAY DIFFRACTION96
1.6847-1.79020.30721250.27832706X-RAY DIFFRACTION100
1.7902-1.92840.35731170.28142717X-RAY DIFFRACTION100
1.9284-2.12240.28691920.23622589X-RAY DIFFRACTION100
2.1224-2.42930.25531520.22192675X-RAY DIFFRACTION99
2.4293-3.06010.21751440.22242654X-RAY DIFFRACTION99
3.0601-28.19350.1471120.16222706X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3461-0.08410.07670.24330.11390.2599-0.1164-0.0286-0.0452-0.167-0.07030.1221-0.0033-0.0772-00.2565-0.03110.040.2408-0.00830.264418.69454.0005-8.8314
20.1042-0.2367-0.47750.59140.58431.5715-0.16031.1128-0.0434-0.2247-0.54710.61460.3217-0.8814-0.03180.1934-0.0383-0.0330.51220.02740.36020.2577-19.6015-19.6867
30.61470.44670.43770.29840.17271.50340.18150.6845-0.11520.2880.2564-0.3280.53841.03360.05690.19620.0342-0.01010.5997-0.11690.28817.8635-22.2201-23.6671
40.69160.1769-0.07130.2059-0.20060.1940.30461.13160.6099-0.15850.29020.2455-0.39840.25920.26090.3091-0.14060.05070.62930.12540.300912.2832-15.5746-30.0597
50.0565-0.1928-0.16940.68130.67490.68770.01640.15290.21150.13210.2055-0.13730.07990.70.03810.16620.020.00720.3082-0.02230.307413.84-19.1748-17.0501
60.03130.0379-0.011-0.01050.01130.0303-0.20820.1636-0.5590.35780.0479-0.46770.53020.2903-0.00020.4940.01480.00220.3283-0.0430.447615.7872-9.58021.5384
71.36690.17311.30780.56570.32531.36720.16320.24480.21490.2980.33770.2848-0.1562-0.81990.42910.38850.15160.13410.48280.10350.29712.58571.60636.8441
80.12960.0191-0.02260.11280.23220.59740.0443-0.3340.29830.85470.1983-0.1832-0.7077-0.27780.02720.66740.0419-0.03020.2348-0.04130.334511.75245.02519.5774
90.14180.03-0.1760.316-0.01010.2257-0.0550.15520.27120.0010.2243-0.2033-0.3664-0.236-00.29210.05630.04530.2359-0.00780.25459.03612.5117-0.7914
100.0789-0.23340.22450.1662-0.28440.6609-0.0490.0372-0.0248-0.0999-0.0515-0.1540.0822-0.1626-0.00010.2462-0.02670.04640.2078-0.02330.25218.36683.5024-8.9962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 6 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 9 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 10 through 27 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 41 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 42 through 59 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2 through 9 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 10 through 22 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 23 through 41 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 42 through 59 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 6 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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