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- PDB-6a8n: The crystal structure of muPAin-1-IG-2 in complex with muPA-SPD a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8n
タイトルThe crystal structure of muPAin-1-IG-2 in complex with muPA-SPD at pH8.5
要素
  • CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS
  • Urokinase-type plasminogen activator B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Peptides inhibitor / muPA / serine protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex ...Dissolution of Fibrin Clot / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / Neutrophil degranulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Phage display vector pTDisp (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.489 Å
データ登録者Wang, D. / Yang, Y.S. / Jiang, L.G. / Huang, M.D. / Li, J.Y. / Andreasen, P.A. / Xu, P. / Chen, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21708043 中国
National Natural Science Foundation of China81572944 中国
National Natural Science Foundation of ChinaU1405229 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Suppression of Tumor Growth and Metastases by Targeted Intervention in Urokinase Activity with Cyclic Peptides.
著者: Wang, D. / Yang, Y. / Jiang, L. / Wang, Y. / Li, J. / Andreasen, P.A. / Chen, Z. / Huang, M. / Xu, P.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator B
P: CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS
B: Urokinase-type plasminogen activator B
C: CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3754
ポリマ－57,3754
非ポリマー00
水00
1
A: Urokinase-type plasminogen activator B
P: CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6872
ポリマ－28,6872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
2
B: Urokinase-type plasminogen activator B
C: CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6872
ポリマ－28,6872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.028, 112.028, 102.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator B / uPA


分子量: 27554.158 Da / 分子数: 2 / 変異: C301A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plau
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P06869, u-plasminogen activator
#2: タンパク質・ペプチド CYS-PRO-ALA-TYR-SER-ARG-TYR-ILE-GLY-CYS / muPAin-1-IG-2


分子量: 1133.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage display vector pTDisp (その他)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 80 mM Tris-HCl pH 8.5, 1.6 M NaH2PO4, 20% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 26314 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 38.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.195 / Χ2: 2.321 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 490887
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.54200.44112720.9720.10.4530.981100
2.54-2.5919.70.39812850.9760.0920.4081.076100
2.59-2.6419.50.38412950.9780.0890.3941.09100
2.64-2.6919.30.37813150.9740.0880.3881.112100
2.69-2.7518.70.3413060.9750.0820.351.311100
2.75-2.8217.70.32813040.9740.0810.3381.362100
2.82-2.89190.32112990.9710.0760.331.5100
2.89-2.9620.30.29112910.9840.0660.2991.734100
2.96-3.05200.27413110.9840.0630.2811.939100
3.05-3.1519.70.25512980.9850.0590.2622.243100
3.15-3.2619.70.23612940.9890.0550.2432.382100
3.26-3.3919.30.22213350.9890.0530.2282.656100
3.39-3.5518.30.20113060.9910.050.2072.995100
3.55-3.7316.70.18113050.9910.0470.1873.244100
3.73-3.9718.90.17713230.9920.0430.1833.446100
3.97-4.2718.40.16113200.9930.0390.1663.796100
4.27-4.717.90.1513360.9940.0370.1553.893100
4.7-5.3816.60.1513380.9940.0390.1553.658100
5.38-6.7818.10.15513470.9930.0380.163.381100
6.78-5015.60.12814340.9940.0340.1333.1799.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.94 Å35.18 Å
Translation3.94 Å35.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A8G

6a8g


解像度: 2.489→35.184 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 1322 5.04 %
Rwork0.2036 24907 -
obs0.2062 26229 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.33 Å2 / Biso mean: 43.1387 Å2 / Biso min: 18.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.489→35.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 0 0 4006
残基数----510
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4893-2.58890.29831290.23462660278998
2.5889-2.70670.29831550.219227422897100
2.7067-2.84940.28011590.217827412900100
2.8494-3.02780.32841550.218327452900100
3.0278-3.26140.25871510.203127352886100
3.2614-3.58940.27641540.201527812935100
3.5894-4.10810.2081360.180327842920100
4.1081-5.17310.21411190.182228442963100
5.1731-35.18740.25331640.2272875303998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.4873 Å / Origin y: 32.9498 Å / Origin z: -47.111 Å
111213212223313233
T0.2168 Å2-0.0265 Å2-0.0347 Å2-0.2732 Å2-0.0427 Å2--0.2672 Å2
L0.8061 °20.0839 °2-0.5916 °2-0.5457 °20.1872 °2--1.3781 °2
S0.0256 Å °-0.0052 Å °0.0027 Å °-0.0332 Å °0.0979 Å °-0.1308 Å °-0.0094 Å °0.2171 Å °-0.1092 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA16 - 243
2X-RAY DIFFRACTION1allP1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 243
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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