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万見
- PDB-6a7t: Ca2+-independent C-type lectin SPL-1 from Saxidomus purpuratus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7t
タイトルCa2+-independent C-type lectin SPL-1 from Saxidomus purpuratus
要素(N-acetylglucosamine-specific lectin) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SPL-1 / lectin / bivalve / Saxidomus purpuratus / C-type
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylglucosamine-specific lectin / N-acetylglucosamine-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Saxidomus purpuratus (ウチムラサキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Unno, H. / Hatakeyama, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25450133 日本
Japan Society for the Promotion of Science17K07760 日本
Japan Society for the Promotion of Science26450128 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K06977 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Novel Ca2+-independent carbohydrate recognition of the C-type lectins, SPL-1 and SPL-2, from the bivalve Saxidomus purpuratus.
著者: Unno, H. / Itakura, S. / Higuchi, S. / Goda, S. / Yamaguchi, K. / Hatakeyama, T.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_name_com / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-specific lectin
B: N-acetylglucosamine-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9604
ポリマ－35,8802
非ポリマー802
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.301, 72.602, 45.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N-acetylglucosamine-specific lectin


分子量: 17981.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saxidomus purpuratus (ウチムラサキ) / 参照: UniProt: A0A2Z6G7U6
#2: タンパク質 N-acetylglucosamine-specific lectin


分子量: 17898.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saxidomus purpuratus (ウチムラサキ) / 参照: UniProt: A0A2Z6G7U3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 30% PEG3000, 100mM CHES/NaOH (pH 9.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37306 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.6→38.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.001 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22717 1832 4.9 %RANDOM
Rwork0.18369 ---
obs0.18582 35408 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→38.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 2 414 2626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0142310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6393149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0721.6584236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.6385.7293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57824130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41515337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.245158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6661.5081106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6641.5031105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4872.2511381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4872.2571382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2161.6871204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2081.6771202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2982.451764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.99418.8812920
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.7517.7922795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 117 -
Rwork0.254 2512 -
obs--95.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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