+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a6y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Asf1 from Plasmodium falciparum | ||||||
![]() | Histone chaperone ASF1, putative | ||||||
![]() | CHAPERONE / Histone chaperone / Chromatin assembly and disassembly / Plasmodium facliparum | ||||||
機能・相同性 | ![]() chromatin organization => GO:0006325 / : / chromatin organization => GO:0006325 / : / chromatin => GO:0000785 / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / unfolded protein binding / histone binding / chromatin binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Srivastava, D.K. / Roy, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional characterization of As1 from Plasmodium falciparum 著者: Srivastava, D.K. / Gunjan, S. / Seshadri, V. / Roy, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hueS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18714.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PF3D7_1224500 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SCN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M Sodium thiocyanate, 0.1M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月25日 / 詳細: mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.491→44.36 Å / Num. obs: 13132 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 41.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1232 / Rpim(I) all: 0.04838 / Rrim(I) all: 0.1324 / Net I/σ(I): 13.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.491→2.58 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.831 / % possible all: 95.66 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HUE 解像度: 2.491→44.359 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.76
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.491→44.359 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|