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- PDB-6a5e: Crystal structure of plant peptide RALF23 in complex with FER and LLG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a5e
タイトルCrystal structure of plant peptide RALF23 in complex with FER and LLG2
要素
  • GPI-anchored protein LLG2
  • RALF23
  • Receptor-like protein kinase FERONIA
キーワードTRANSFERASE / a plant receptor-ligand complex FLR
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen tube reception / filiform apparatus / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / pollen tube / response to brassinosteroid / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / stomatal movement / root development ...pollen tube reception / filiform apparatus / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / pollen tube / response to brassinosteroid / response to ethylene / brassinosteroid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / stomatal movement / root development / negative regulation of growth / apoplast / plasmodesma / abscisic acid-activated signaling pathway / defense response to fungus / side of membrane / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / post-embryonic development / circadian regulation of gene expression / calcium-mediated signaling / negative regulation of cell growth / hormone activity / cell-cell signaling / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPI-anchored protein LORELEI-like / Rapid ALkalinization Factor / Rapid ALkalinization Factor (RALF) / Malectin-like domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Malectin-like domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...GPI-anchored protein LORELEI-like / Rapid ALkalinization Factor / Rapid ALkalinization Factor (RALF) / Malectin-like domain / Receptor-like protein kinase ANXUR1-like / Malectin-like domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GPI-anchored protein LLG2 / Rapid alkalinization factor 23 / Receptor-like protein kinase FERONIA
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Arabidopsis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.766 Å
データ登録者Xiao, Y. / Chai, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Mechanisms of RALF peptide perception by a heterotypic receptor complex.
著者: Xiao, Y. / Stegmann, M. / Han, Z. / DeFalco, T.A. / Parys, K. / Xu, L. / Belkhadir, Y. / Zipfel, C. / Chai, J.
履歴
登録2018年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-like protein kinase FERONIA
C: GPI-anchored protein LLG2
E: RALF23
F: RALF23
D: GPI-anchored protein LLG2
B: Receptor-like protein kinase FERONIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,62414
ポリマ－109,0416
非ポリマー2,5828
水00
1
A: Receptor-like protein kinase FERONIA
C: GPI-anchored protein LLG2
E: RALF23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8127
ポリマ－54,5213
非ポリマー1,2914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
2
F: RALF23
D: GPI-anchored protein LLG2
B: Receptor-like protein kinase FERONIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8127
ポリマ－54,5213
非ポリマー1,2914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.312, 62.360, 97.478
Angle α, β, γ (deg.)105.72, 91.30, 108.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase FERONIA


分子量: 43363.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FER
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9SCZ4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 GPI-anchored protein LLG2 / LORELEI-like-GPI-anchored protein 2


分子量: 9370.615 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 42-125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LLG2, At2g20700
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q6NLF4
#3: タンパク質・ペプチド RALF23


分子量: 1786.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arabidopsis (植物)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9LUS7*PLUS
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium malonate, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. obs: 32854 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 20.89
反射 シェル解像度: 2.76→2.83 Å / Num. unique obs: 3150 / Rsym value: 0.969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.766→42.607 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 1673 5.09 %
Rwork0.2325 --
obs0.2351 32840 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.766→42.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7396 0 168 0 7564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29810492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3374504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7662-2.84760.34251390.2822448X-RAY DIFFRACTION90
2.8476-2.93950.39961350.2662650X-RAY DIFFRACTION97
2.9395-3.04450.37081360.28852557X-RAY DIFFRACTION98
3.0445-3.16640.34061260.27682677X-RAY DIFFRACTION97
3.1664-3.31040.36611580.27072612X-RAY DIFFRACTION98
3.3104-3.48490.31251260.25722646X-RAY DIFFRACTION97
3.4849-3.70310.29131530.23252600X-RAY DIFFRACTION98
3.7031-3.98880.25121310.22252589X-RAY DIFFRACTION97
3.9888-4.38990.21661510.19272612X-RAY DIFFRACTION97
4.3899-5.02420.23911540.18592611X-RAY DIFFRACTION97
5.0242-6.32670.29541430.22352561X-RAY DIFFRACTION96
6.3267-42.61210.27791210.24812604X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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