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- PDB-6a3v: Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a3v
タイトルComplex structure of human 4-1BB and 4-1BBL
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex structure / agonist monoclonal antibody / cross-linking
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.391 Å
データ登録者Li, Y. / Zhang, C. / Chai, Y. / Qi, J. / Tien, P. / Gao, S. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Limited Cross-Linking of 4-1BB by 4-1BB Ligand and the Agonist Monoclonal Antibody Utomilumab.
著者: Li, Y. / Tan, S. / Zhang, C. / Chai, Y. / He, M. / Zhang, C.W. / Wang, Q. / Tong, Z. / Liu, K. / Lei, Y. / Liu, W.J. / Liu, Y. / Tian, Z. / Cao, X. / Yan, J. / Qi, J. / Tien, P. / Gao, S. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
G: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
H: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
I: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
K: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
M: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
N: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
O: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
P: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
Q: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
S: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
T: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
U: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
V: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
W: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
X: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,14736
ポリマ－468,49224
非ポリマー2,65412
水00
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
2
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
3
E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
4
G: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
H: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
5
I: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
6
K: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
7
M: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
N: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
8
O: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
P: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
9
Q: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
10
S: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
T: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
11
U: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
V: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
12
W: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
X: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2623
ポリマ－39,0412
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.091, 137.195, 140.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL


分子量: 21517.334 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: P41273
#2: タンパク質
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 17523.689 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: Q07011
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium iodide, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.391→44.666 Å / Num. obs: 60878 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L36

5l36


解像度: 3.391→44.666 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 3099 5.09 %
Rwork0.2635 --
obs0.265 60878 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.391→44.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24905 0 168 0 25073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69134726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6889605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3914-3.44430.35291250.34232389X-RAY DIFFRACTION90
3.4443-3.50080.37251600.33862624X-RAY DIFFRACTION100
3.5008-3.56110.36491550.32442636X-RAY DIFFRACTION100
3.5611-3.62590.36731290.32042647X-RAY DIFFRACTION100
3.6259-3.69560.29591350.29642626X-RAY DIFFRACTION100
3.6956-3.7710.30741420.28032644X-RAY DIFFRACTION100
3.771-3.85290.31771380.28052635X-RAY DIFFRACTION100
3.8529-3.94250.30231460.28632656X-RAY DIFFRACTION100
3.9425-4.0410.31161520.27892605X-RAY DIFFRACTION99
4.041-4.15020.3361300.25732640X-RAY DIFFRACTION100
4.1502-4.27220.25521420.24632628X-RAY DIFFRACTION99
4.2722-4.410.23841480.22332641X-RAY DIFFRACTION99
4.41-4.56750.25081140.23292670X-RAY DIFFRACTION99
4.5675-4.75020.23081480.21592606X-RAY DIFFRACTION100
4.7502-4.96610.25271250.22722676X-RAY DIFFRACTION100
4.9661-5.22750.28311500.24022642X-RAY DIFFRACTION100
5.2275-5.55450.25371440.26282616X-RAY DIFFRACTION99
5.5545-5.98240.30331350.26282694X-RAY DIFFRACTION99
5.9824-6.58280.31971290.28732603X-RAY DIFFRACTION98
6.5828-7.53140.32571710.27462600X-RAY DIFFRACTION98
7.5314-9.47380.27841450.24712642X-RAY DIFFRACTION99
9.4738-44.66940.27911360.24342659X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1267-0.0249-0.01010.1584-0.06060.09440.012-0.28090.24580.0074-0.072-0.1362-0.07440.0587-0.00370.189-0.00080.03240.1802-0.03620.2304459.334774.2004439.9867
20.03870.0539-0.01830.0534-0.0160.0037-0.0038-0.36860.12980.06550.069-0.0152-0.00780.18950.00360.23670.0711-0.02560.4561-0.10780.27440.470284.8099461.1162
30.08810.06760.00210.06920.04280.1099-0.0573-0.0773-0.1147-0.048-0.0515-0.02870.0278-0.075-0.23730.24770.14580.0230.010.1734-0.0054453.118754.8631428.3575
40.9218-0.22360.08290.3226-0.07320.08850.0570.03770.4134-0.0722-0.0913-0.19760.0378-0.0004-0.00950.25550.07950.08460.25960.08520.1908442.022377.1918413.0448
50.0228-0.02930.00050.056-0.03570.0239-0.0688-0.192-0.10560.11150.020.00250.07050.05390.05330.05580.1145-0.06010.25870.37390.0035451.64355.21451.507
60.0176-0.0068-0.01880.0074-0.00980.0129-0.13680.0339-0.1282-0.04430.00330.1730.0482-0.0247-0.00050.31870.04960.06780.37170.09090.5346427.469741.8284442.7814
70.024-0.01840.04330.25850.03440.17160.04930.0154-0.00380.0171-0.0928-0.0046-0.0035-0.0492-0.07330.16070.03730.00970.1766-0.12450.1822487.240225.1023421.3301
80.0891-0.05960.04380.1285-0.03930.06260.0471-0.01690.17880.0934-0.0304-0.132-0.07340.1955-0.13480.1340.150.17480.1729-0.17250.5741512.134439.4743419.1351
90.080.0314-0.050.0779-0.08930.111-0.0090.01880.1699-0.19420.0401-0.0245-0.02010.035-0.00180.32420.03160.04390.0898-0.01720.2591490.424628.4729398.4579
100.0157-0.0448-0.0260.03860.09750.07570.14350.1438-0.0164-0.0895-0.0481-0.03050.0562-0.110400.37850.04040.01330.3686-0.01170.2509508.02696.577383.3404
110.17680.0437-0.14560.07970.05810.3783-0.05580.0397-0.04530.1038-0.12220.01620.1113-0.1525-0.03850.2402-0.0269-0.04550.1194-0.0290.3325482.13788.0014406.3921
120.033-0.0524-0.0555-0.00620.03650.09820.0492-0.2356-0.28240.123-0.04440.0682-0.01310.051500.28260.01070.09270.55360.16220.5234495.7636-4.599428.9569
130.06870.03970.0020.13250.00150.21360.1124-0.0934-0.09250.1172-0.0271-0.06410.01030.05110.18340.3368-0.124-0.07920.1730.12360.165466.48256.4096508.4135
140.5546-0.0821-0.02780.1665-0.00010.10010.0306-0.05660.12610.1129-0.00940.0163-0.018-0.2553-0.02670.3163-0.03620.14860.44750.01130.1744477.322777.5245525.4007
150.05-0.02120.01730.1582-0.00670.13940.05710.11470.06260.0503-0.08070.02210.0398-0.0485-0.09580.2706-0.06150.0140.240.15530.2884459.630776.4532498.3927
160.10280.0764-0.02980.03050.05260.1443-0.19290.25870.0866-0.13340.133-0.0249-0.1240.0057-0.00520.2615-0.0629-0.04570.50390.21760.3245478.754387.8955477.7256
170.10360.0365-0.09120.3003-0.06440.13350.020.1724-0.058-0.07030.1323-0.15620.1763-0.15630.20570.1814-0.0234-0.03390.2952-0.07530.1352468.115858.6661485.3189
180.05050.02920.01230.0193-0.00320.04430.0239-0.1069-0.26520.13520.0712-0.04380.18570.1091-0.00110.46810.0170.09140.289-0.04580.6813492.598144.8729493.1859
190.1902-0.01740.07630.1364-0.06580.09190.1395-0.1367-0.0113-0.10950.0207-0.0298-0.0566-0.04960.07890.2135-0.00450.09750.3705-0.03360.195511.42523.357463.0269
200.03620.03010.0370.134-0.04760.17960.0908-0.16120.38360.15270.08990.1176-0.2089-0.08580.10660.3042-0.0640.0850.1873-0.03840.4125484.349637.1119465.0264
210.02370.016-0.01230.0121-0.02570.04160.0622-0.09430.08990.1759-0.00070.09370.1124-0.01520.09650.3725-0.12750.03370.2651-0.12320.226508.521726.9764485.9648
220.0945-0.09040.03680.1029-0.07110.04270.1569-0.0586-0.0498-0.0082-0.0788-0.07090.05770.31140.00350.3105-0.07310.01720.557-0.06410.2703492.97646.6902502.1739
230.0682-0.0057-0.00860.0783-0.04830.0608-0.1039-0.0267-0.06230.09880.06740.0850.090.2078-0.00060.20820.056-0.04280.32070.01860.3425516.66816.5803478.717
240.12050.0459-0.05970.0069-0.02190.0537-0.00890.2314-0.1715-0.12520.0833-0.08940.14890.11430.07280.2702-0.00280.09660.5557-0.19320.4926503.4919-7.3865457.1426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
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10X-RAY DIFFRACTION10chain J
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21X-RAY DIFFRACTION21chain U
22X-RAY DIFFRACTION22chain V
23X-RAY DIFFRACTION23chain W
24X-RAY DIFFRACTION24chain X

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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