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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a3h | |||||||||
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タイトル | 2-DEOXY-2-FLURO-B-D-CELLOTRIOSYL/ENZYME INTERMEDIATE COMPLEX OF THE ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHEARANS AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION | |||||||||
要素 | ENDOGLUCANASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5 / MICHAELIS COMPLEX / SKEW-BOAT / DISTORTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus agaradhaerens (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Davies, G.J. / Varrot, A. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Schulein, M. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Snapshots along an enzymatic reaction coordinate: analysis of a retaining beta-glycoside hydrolase. 著者: Davies, G.J. / Mackenzie, L. / Varrot, A. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Schulein, M. / Withers, S.G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of the Bacillus Agaradherans Family 5 Endoglucanase at 1.6 A and its Cellobiose Complex at 2.0 A Resolution 著者: Davies, G.J. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Bjornvad, M.E. / Andersen, K.V. / Schulein, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a3h.cif.gz | 78.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a3h.ent.gz | 61 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6a3h_validation.pdf.gz | 781.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6a3h_full_validation.pdf.gz | 783.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6a3h_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6a3h_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/6a3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/6a3h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33998.023 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN ONLY / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THIS IS A COMPLEX WITH 2-DEOXY-2-FLUOROCELLOTRIOSE COVALENTLY LINKED TO THE ENZYMATIC NUCLEOPHILE, GLU 228 由来: (組換発現) Bacillus agaradhaerens (バクテリア) 株: AC13 (NCIMB 40482) / プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOTER SYSTEM / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: O85465, cellulase | ||||
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#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-beta-cellotriose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CEL5A IS A MEMBER OF GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5, IT IS ONE OF THE GH-A CLAN MEMBERS. THIS ENTRY ...CEL5A IS A MEMBER OF GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5, IT IS ONE OF THE GH-A CLAN MEMBERS. THIS ENTRY REPRESENTS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Davies, G.J., (1998) Biochemistry, 37, 1926. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: YALE/MSC MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→15 Å / Num. obs: 34744 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 13.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 98.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A3H 解像度: 1.68→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |