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万見
- PDB-6a39: The crystal structure of Mandelate oxidase Y128F with C4a-Malic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a39
タイトルThe crystal structure of Mandelate oxidase Y128F with C4a-Malic acid-monooxide-FMN adduct
要素4-hydroxymandelate oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B8C / 4-hydroxymandelate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Li, T.L. / Lin, K.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Mandelate oxidase mutant Y128F with C4a-Malic acid-monooxide-FMN adduct
著者: Li, T.L. / Lin, K.H.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6342
ポリマ－40,0301
非ポリマー6041
水4,756264
1
A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5368
ポリマ－160,1184
非ポリマー2,4184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area44800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.440, 138.440, 109.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxymandelate oxidase


分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物 ChemComp-B8C / (~{E})-2-[[(4~{a}~{S})-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-10-[(2~{S},3~{S},4~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-phosphonooxy-pentyl]-5~{H}-benzo[g]pteridin-4~{a}-yl]oxy]-3-oxidanyl-but-2-enedioic acid


分子量: 604.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H25N4O15P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.894→30 Å / Num. obs: 40612 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 2.62
反射 シェル解像度: 1.894→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 4154 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.275

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz


解像度: 1.89→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.021 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2113 5.2 %RANDOM
Rwork0.18951 ---
obs0.19184 38499 96.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.89→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 42 264 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0132547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4831.6533467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6641.5865601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5125330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.64719.635137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31315396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3280.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.022918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2492.5041320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.252.5011319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5073.7221647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.5073.7251648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6453.2331226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6463.2331225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9224.611820
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.26732.8443093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.26532.8413094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 130 -
Rwork0.279 2266 -
obs--77.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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