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万見
- PDB-6a35: Crystal structure of 5-methylthioribose 1-phosphate isomerase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a35
タイトルCrystal structure of 5-methylthioribose 1-phosphate isomerase from Pyrococcus horikoshii OT3 - Form II
要素Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Methionine salvage pathway / PH0702 / Cis-phosphoenolate intermediate / Hydride transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Gogoi, P. / Mordina, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
BT/302/NE/TBP/2012 インド
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of 5-methylthioribose 1-phosphate isomerase.
著者: Gogoi, P. / Mordina, P. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
B: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
C: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
D: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,7304
ポリマ－161,7304
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
B: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8652
ポリマ－80,8652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
2
C: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
D: Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8652
ポリマ－80,8652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.170, 91.230, 102.070
Angle α, β, γ (deg.)108.580, 98.090, 104.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase / M1Pi / MTR-1-P isomerase / MTNA-like protein / aMTNA / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase


分子量: 40432.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: OT-3 / 遺伝子: PH0702 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O58433, S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05M ammonium acetate, 0.1M tris pH 8.0, 16% PEG 10000, 0.05M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月10日 / 詳細: VariMAX-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→93.89 Å / Num. obs: 41560 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.65-2.763.60.55746480.8190.3460.65794.9
9.55-82.023.30.0579050.9870.0390.06997.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.96 Å52.85 Å
Translation3.96 Å52.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
Coot0.8.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A34

6a34


解像度: 2.65→93.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 19.887 / SU ML: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.428
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2942 2017 4.9 %RANDOM
Rwork0.2105 ---
obs0.2146 39519 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.18 Å2 / Biso mean: 57.142 Å2 / Biso min: 25.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.34 Å2-0.19 Å20.14 Å2
2---0.52 Å2-0.15 Å2
3---2.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→93.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11168 0 0 96 11264
Biso mean---38.74 -
残基数----1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.96915434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.828325452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.92351420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5724.228492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.685152020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4411568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022244
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 145 -
Rwork0.368 2898 -
all-3043 -
obs--94.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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