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- PDB-6a2r: Mycobacterium tuberculosis LexA C-domain II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a2r
タイトルMycobacterium tuberculosis LexA C-domain II
要素LexA repressor
キーワードHYDROLASE / Mycobacterium tuberculosis / LexA / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor LexA / SOS response / DNA-binding transcription repressor activity / peptidoglycan-based cell wall / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA replication / serine-type endopeptidase activity / response to antibiotic / DNA repair ...repressor LexA / SOS response / DNA-binding transcription repressor activity / peptidoglycan-based cell wall / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA replication / serine-type endopeptidase activity / response to antibiotic / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like ...LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Ribbon / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / LexA repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Chandran, A.V. / Srikalaivani, R. / Paul, A. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Biochemical characterization of Mycobacterium tuberculosis LexA and structural studies of its C-terminal segment.
著者: Chandran, A.V. / Srikalaivani, R. / Paul, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LexA repressor
B: LexA repressor
C: LexA repressor
D: LexA repressor
E: LexA repressor
F: LexA repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4128
ポリマ－71,2006
非ポリマー2122
水4,288238
1
A: LexA repressor
B: LexA repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8393
ポリマ－23,7332
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LexA repressor
D: LexA repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8393
ポリマ－23,7332
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: LexA repressor
F: LexA repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7332
ポリマ－23,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.830, 74.830, 116.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A137 - 236
2111B137 - 236
3111C137 - 236
4111D137 - 236
5111E137 - 236
6111F137 - 236

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.488463, -0.872581, 0.002655), (-0.871818, 0.488159, 0.040417), (-0.036564, 0.017427, -0.999179)37.07896, 20.35428, 77.63329
3given(0.427875, 0.903548, 0.02289), (-0.902508, 0.428482, -0.043384), (-0.049008, -0.002095, 0.998796)-1.14836, 45.06108, -10.30692
4given(0.545508, -0.838102, -0.002422), (-0.838073, -0.54551, 0.007224), (-0.007375, -0.001911, -0.999971)-0.0354, 42.55035, 88.7055
5given(0.792365, -0.609465, -0.026651), (0.605314, 0.790898, -0.089865), (0.075848, 0.055074, 0.995597)42.86791, 53.48342, -12.17229
6given(-0.922139, -0.385654, 0.030499), (-0.386332, 0.922129, -0.020624), (-0.02017, -0.030801, -0.999322)-27.40369, 10.54084, 92.1995

-
要素

#1: タンパク質
LexA repressor


分子量: 11866.654 Da / 分子数: 6 / 断片: LexA C-domain II / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lexA, Rv2720, MTCY05A6.41 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P9WHR7, repressor LexA
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-Hcl, 200mM megnesium chloride, 5% glycerol, 25%PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.525
11-h,-k,l20.475
反射解像度: 2.25→43.22 Å / Num. obs: 34497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 5017 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 0.401 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IUMU

解像度: 2.25→37.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 3.298 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23822 1653 4.8 %RANDOM
Rwork0.21832 ---
obs0.21932 32811 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2 Å20 Å20 Å2
2--6.2 Å20 Å2
3----12.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→37.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 14 238 4728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0154571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0174367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.7556216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6411.72210163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.40519.844128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73515627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4481522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5212.5482373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5212.5482374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6093.8112956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6093.8112957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6212.7742198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6212.7742198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8224.0793261
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.89931.4174621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.89931.424622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1411 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A5.05
B7.16
C5.46
D4.59
E6.6
F5.83
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 98 -
Rwork0.333 2420 -
obs--99.96 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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