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- PDB-5nxx: Crystal structure of OpuAC from B. subtilis in complex with Arsen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxx
タイトルCrystal structure of OpuAC from B. subtilis in complex with Arsenobetaine
要素Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein Arseen / B. subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane raft
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(trimethylarsonio)acetate / Betaine-binding protein OpuAC / Glycine betaine-binding protein OpuAC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hofmann, T. / Bremer, E. / Schmitt, L. / Smits, S.
引用ジャーナル: Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Arsenobetaine: an ecophysiologically important organoarsenical confers cytoprotection against osmotic stress and growth temperature extremes.
著者: Hoffmann, T. / Warmbold, B. / Smits, S.H.J. / Tschapek, B. / Ronzheimer, S. / Bashir, A. / Chen, C. / Rolbetzki, A. / Pittelkow, M. / Jebbar, M. / Seubert, A. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC
D: Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9184
ポリマ－59,5622
非ポリマー3562
水6,233346
1
C: Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9592
ポリマ－29,7811
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9592
ポリマ－29,7811
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.100, 30.000, 106.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycine betaine ABC transport system glycine betaine-binding protein OpuAC / Glycine betaine/proline transport system substrate-binding protein


分子量: 29780.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N terminus not visible in x-ray structure / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_1321, SAMN05878487_3340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085C2M9, UniProt: P46922*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-3Q7 / (trimethylarsonio)acetate


分子量: 178.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris, ammonium acetate, PEG 4000, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 274K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 27772 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.344

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B4M

2b4m


解像度: 2.2→19.944 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 1389 5 %
Rwork0.1835 --
obs0.1885 27772 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4132 0 16 346 4494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4595843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0841609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2005-2.2790.33451330.23262527X-RAY DIFFRACTION93
2.279-2.37010.32981390.21942639X-RAY DIFFRACTION98
2.3701-2.47780.33871410.20552688X-RAY DIFFRACTION98
2.4778-2.60820.29461380.19832625X-RAY DIFFRACTION98
2.6082-2.77120.30051410.20212661X-RAY DIFFRACTION97
2.7712-2.98450.29291400.19372667X-RAY DIFFRACTION97
2.9845-3.28360.28731380.18622621X-RAY DIFFRACTION97
3.2836-3.7560.25461390.16192640X-RAY DIFFRACTION96
3.756-4.72180.24471380.152616X-RAY DIFFRACTION95
4.7218-19.94470.2651420.17832699X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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