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Yorodumi- PDB-6a2e: Apo structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) alph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a2e | ||||||
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Title | Apo structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) alphaketoglutarate dependent dioxygenase | ||||||
Components | Kdo hydroxylase, KdoO | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fe(II)/O2/alphaketoglutarate dependent dioxygenase / KDO2-lipid A dioxygenase / deoxysugar dioxygenase / LPS biosynthesis | ||||||
Function / homology | Kdo hydroxylase / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase / metal ion binding / ACETATE ION / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase Function and homology information | ||||||
Biological species | Methylacidiphilum infernorum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.939 Å | ||||||
Authors | Chung, H.S. / Pemble, C.W. / Joo, S.H. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: Biochemical and Structural Insights into an Fe(II)/ alpha-Ketoglutarate/O2-Dependent Dioxygenase, Kdo 3-Hydroxylase (KdoO). Authors: Joo, S.H. / Pemble, C.W. / Yang, E.G. / Raetz, C.R.H. / Chung, H.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6a2e.cif.gz | 137.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6a2e.ent.gz | 105.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a2e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6a2e_validation.pdf.gz | 460.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6a2e_full_validation.pdf.gz | 460.6 KB | Display | |
Data in XML | 6a2e_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6a2e_validation.cif.gz | 22.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a2e | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36239.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methylacidiphilum infernorum (isolate V4) (bacteria) Strain: V4 / Gene: Minf_1012 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B3DUR4 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.1M Sodium acetate, 200mM Lithium sulfate, 50% v/v PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.939→50 Å / Num. obs: 24341 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.735 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.939→41.605 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 19.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.08 Å2 / Biso mean: 23.8371 Å2 / Biso min: 8.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.939→41.605 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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