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Yorodumi- PDB-4k68: Structure of a novel GH10 endoxylanase retrieved from sugarcane s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k68 | ||||||
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Title | Structure of a novel GH10 endoxylanase retrieved from sugarcane soil metagenome | ||||||
Components | GH10 xylanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GH10 / xylanase | ||||||
Function / homology | Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | soil metagenome (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.74 Å | ||||||
Authors | Santos, C.R. / Polo, C.C. / Alvarez, T.M. / Paixao, D.A.A. / Almeida, R.F. / Pereira, I.O. / Squina, F.M. / Murakami, M.T. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: Development and biotechnological application of a novel endoxylanase family GH10 identified from sugarcane soil metagenome. Authors: Alvarez, T.M. / Goldbeck, R. / dos Santos, C.R. / Paixao, D.A. / Goncalves, T.A. / Franco Cairo, J.P. / Almeida, R.F. / de Oliveira Pereira, I. / Jackson, G. / Cota, J. / Buchli, F. / ...Authors: Alvarez, T.M. / Goldbeck, R. / dos Santos, C.R. / Paixao, D.A. / Goncalves, T.A. / Franco Cairo, J.P. / Almeida, R.F. / de Oliveira Pereira, I. / Jackson, G. / Cota, J. / Buchli, F. / Citadini, A.P. / Ruller, R. / Polo, C.C. / de Oliveira Neto, M. / Murakami, M.T. / Squina, F.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k68.cif.gz | 288.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k68.ent.gz | 237 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k68.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k68 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43566.988 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) soil metagenome (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: PEG8000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2013 |
Radiation | Monochromator: double-crystal (Si111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.74→41.2 Å / Num. obs: 20118 / % possible obs: 97.57 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.143 |
Reflection shell | Resolution: 2.74→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.468 / % possible all: 87.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.74→41.2 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.241 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.74→41.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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