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- PDB-6jzq: The crystal structure of acyl-acyl carrier protein (acyl-ACP) red... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jzq
タイトルThe crystal structure of acyl-acyl carrier protein (acyl-ACP) reductase (AAR)
要素Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase / alkane / aldehyde / oxygenase
機能・相同性long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
機能・相同性情報
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Zhang, H.M. / Li, M. / Gao, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesKey Research Program of Frontier Sciences QYZDB-SSW-SMC005 中国
Chinese Academy of SciencesStrategic Priority Research Program XDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesStrategic Priority Research Program XDB08020302 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
Ministry of Science and Technology (China)National Key R&D Program of China 2017YFA0503702 中国
Ministry of Science and Technology (China)National Key R&D Program of China 2011CBA00900 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into catalytic mechanism and product delivery of cyanobacterial acyl-acyl carrier protein reductase.
著者: Gao, Y. / Zhang, H. / Fan, M. / Jia, C. / Shi, L. / Pan, X. / Cao, P. / Zhao, X. / Chang, W. / Li, M.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
C: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
D: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
E: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,5595
ポリマ－191,5595
非ポリマー00
水86548
1
A: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3121
ポリマ－38,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3121
ポリマ－38,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3121
ポリマ－38,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3121
ポリマ－38,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3121
ポリマ－38,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.167, 201.442, 124.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Acyl-ACP reductase


分子量: 38311.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
遺伝子: Synpcc7942_1594, SEC0028 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q54765, long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 1.2M NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→46.111 Å / Num. obs: 53286 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5161 / CC1/2: 0.885 / Rpim(I) all: 0.3 / Rsym value: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.798→46.111 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1995 3.75 %
Rwork0.2177 --
obs0.2191 53173 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→46.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12927 0 0 48 12975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01213195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48317926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3254633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7981-2.86810.33711350.32893453X-RAY DIFFRACTION94
2.8681-2.94560.33251410.31793648X-RAY DIFFRACTION99
2.9456-3.03230.34171420.30983648X-RAY DIFFRACTION99
3.0323-3.13010.34241430.28923660X-RAY DIFFRACTION99
3.1301-3.2420.29391430.28263672X-RAY DIFFRACTION99
3.242-3.37170.36591420.27163658X-RAY DIFFRACTION99
3.3717-3.52510.30471430.25553655X-RAY DIFFRACTION99
3.5251-3.71090.30071430.24363669X-RAY DIFFRACTION99
3.7109-3.94330.28741420.21723669X-RAY DIFFRACTION99
3.9433-4.24760.22231440.20083685X-RAY DIFFRACTION100
4.2476-4.67470.21221430.19033655X-RAY DIFFRACTION100
4.6747-5.35020.20451440.18733701X-RAY DIFFRACTION99
5.3502-6.73730.25161440.1993667X-RAY DIFFRACTION99
6.7373-46.11690.19831460.16423738X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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