PDB-6a1l: Mandelate oxidase mutant-Y128F with 5-deazariboflavin mononucleot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a1l

タイトル

Mandelate oxidase mutant-Y128F with 5-deazariboflavin mononucleotide and benzoic acid

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: The flavin mononucleotide cofactor in alpha-hydroxyacid oxidases exerts its electrophilic/nucleophilic duality in control of the substrate-oxidation level.
著者: Lyu, S.Y. / Lin, K.H. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Hsu, N.S. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a1l.cif.gz	91.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a1l.ent.gz	66.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6a1l_validation.pdf.gz	820.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a1l_full_validation.pdf.gz	823.9 KB	表示
XML形式データ	6a1l_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	6a1l_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zzpC 5zzrC 5zzzC 6a08C 6a0vC 6a13C 6a19C 6a1hC 6a1mC 6a1pC 6a1rC 6a21C 6a23C 6a3tC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a21-1 6a1w-1 6a1r-1 5zzx-1 6a0o-1 6a01-1 5zzs-1 6a0m-1 6a1p-1 5zzz-1 6a1n-1 5zzr-1 6a19-1 6a13-1 6a3t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
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1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.721, 137.721, 111.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-9O9 / 1-deoxy-1-(7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-5-O-phosphono-D-ribitol / 1-デオキシ-1-[3,4-ジヒドロ-7,8-ジメチル-2,4-ジオキソピリミド[4,5-b]キノリン-10(2H)-(以下略) 分子量: 455.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₃O₉P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 104843 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.021 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10346 / CC_1/2: 0.789 / R_pim(I) all: 0.31 / Χ²: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES	(1.11.1_2575)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz

解像度: 1.4→30 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	5237	5 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.1758	104841	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2477	0	50	335	2862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	3665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.291	984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.209	423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3982-1.4141	0.2957	174	0.2795	3195	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4141-1.4308	0.2904	182	0.2561	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4308-1.4482	0.276	163	0.2424	3285	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4482-1.4665	0.2892	173	0.2332	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4858	0.2536	175	0.2289	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4858-1.5062	0.2245	161	0.2225	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5062-1.5277	0.2428	179	0.2126	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5277-1.5505	0.2093	176	0.2079	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5505-1.5747	0.2076	192	0.204	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5747-1.6005	0.2153	174	0.2008	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6005-1.6281	0.2087	174	0.1929	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6281-1.6577	0.201	147	0.1861	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6577-1.6896	0.2363	176	0.1871	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6896-1.7241	0.2053	180	0.1866	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7241-1.7616	0.2294	152	0.1924	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7616-1.8026	0.205	172	0.1856	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8026-1.8476	0.1725	162	0.1825	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8476-1.8976	0.1951	145	0.1779	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8976-1.9534	0.2142	176	0.1783	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9534-2.0164	0.196	178	0.1689	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0164-2.0885	0.1565	192	0.1699	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0885-2.1721	0.1807	178	0.1624	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1721-2.2709	0.1752	194	0.1704	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2709-2.3906	0.2077	167	0.1725	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3906-2.5402	0.1791	193	0.1763	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5402-2.7362	0.1734	192	0.1731	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7362-3.0113	0.1895	160	0.1747	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0113-3.4464	0.1672	181	0.1622	3389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4464-4.3395	0.1485	177	0.1448	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3395-28.0634	0.166	192	0.1672	3538	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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