PDB-6a11: Mandelate oxidase mutant-Y128F with phenylpyruvic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a11

タイトル

Mandelate oxidase mutant-Y128F with phenylpyruvic acid

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural explorations of alpha-hydroxyacid oxidases reveal a four-electron oxidative decarboxylation reaction.
著者: Yeh, H.W. / Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Li, Y.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Hsu, N.S. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a11.cif.gz	93.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a11.ent.gz	68.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a11_validation.pdf.gz	795.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a11_full_validation.pdf.gz	800.2 KB	表示
XML形式データ	6a11_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	6a11_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zzqC 5zzsC 5zzxC 5zzyC 6a00C 6a0dC 6a0gC 6a0mC 6a0oC 6a0yC 6a1aC 1al7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a19-1 6a0v-1 5zzs-1 7bsr-1 5zzr-1 5zzx-1 6ai7-1 6a1h-1 6a1b-1 6a1r-1 6a08-1 6a0m-1 6a1w-1 6a0o-1 6a23-1 6a3t-1 6a1p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.485, 138.485, 111.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID 分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 95758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.017 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 42
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 9449 / CC_1/2: 0.851 / R_pim(I) all: 0.27 / Χ²: 0.728 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AL7

1al7

解像度: 1.45→30 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	4487	4.88 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1691	91944	95.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2493	0	43	357	2893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.433	3825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	2001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.124	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	511

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4455-1.4619	0.2824	104	0.2367	1935	X-RAY DIFFRACTION	64
1.4619-1.4791	0.1992	121	0.2175	2085	X-RAY DIFFRACTION	70
1.4791-1.4972	0.213	106	0.214	2239	X-RAY DIFFRACTION	74
1.4972-1.5161	0.22	119	0.2126	2441	X-RAY DIFFRACTION	81
1.5161-1.5361	0.2288	128	0.2136	2626	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5361-1.5571	0.2195	161	0.2154	2904	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5571-1.5794	0.2323	159	0.2106	2973	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5794-1.6029	0.2074	153	0.2017	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6029-1.628	0.2351	165	0.2054	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.628-1.6547	0.2503	131	0.1999	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6547-1.6832	0.2279	176	0.1936	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6832-1.7138	0.2039	152	0.1911	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7138-1.7468	0.2115	142	0.1969	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7468-1.7824	0.2408	146	0.1919	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7824-1.8212	0.23	147	0.1869	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8212-1.8635	0.1994	155	0.1874	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8635-1.9101	0.2377	137	0.1818	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9101-1.9617	0.1963	157	0.1811	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9617-2.0195	0.1867	170	0.1697	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0195-2.0846	0.1826	143	0.1718	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0846-2.1591	0.1883	169	0.1644	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1591-2.2455	0.1738	167	0.1647	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2455-2.3477	0.1804	182	0.1639	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3477-2.4714	0.182	160	0.1671	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4714-2.6261	0.1868	158	0.1629	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6261-2.8287	0.2033	156	0.1556	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8287-3.113	0.1857	157	0.1619	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.113-3.5627	0.1606	157	0.1431	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5627-4.4857	0.1456	143	0.1288	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4857-28.1761	0.1959	166	0.1612	3202	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)