PDB-5zzd: Crystal structure of a protein from Aspergillus flavus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zzd

タイトル

Crystal structure of a protein from Aspergillus flavus

要素

O-methyltransferase lepI

キーワード

TRANSFERASE / substrate binding / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chang, Z.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of LepI, a multifunctional SAM-dependent enzyme which catalyzes pericyclic reactions in leporin biosynthesis.
著者: Chang, Z. / Ansbacher, T. / Zhang, L. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Zhang, G. / Liu, W. / Huang, J.W. / Dai, L. / Guo, R.T. / Major, D.T. / Chen, C.C.

履歴

登録	2018年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zzd.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zzd.ent.gz	141.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zzd_validation.pdf.gz	1001.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zzd_full_validation.pdf.gz	999.5 KB	表示
XML形式データ	5zzd_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	5zzd_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ix3-d 6j46-d 6iv7-d 6inw-d 6ix8-d 2d0i-2 5w7r-1 3q1l-1 3jtm-2 2dbr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: O-methyltransferase lepI

B: O-methyltransferase lepI

ヘテロ分子

87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.438, 62.202, 113.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	O-methyltransferase lepI / Leporins biosynthesis protein I 分子量: 43364.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ) 株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167 遺伝子: lepI, AFLA_066940 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B8NJH3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 % / Mosaicity: 0.479 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium citrate pH 5.6 0.1M -0.6M Nacl , 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月16日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 85513 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.413 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 224575

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-2	3.2	0.491	6675	0.871	0.323	0.591	1.74	96.6
2-2.07	3.2	0.491	6675	0.871	0.323	0.591		96.6
2.07-2.15	3.3	0.358	6770	0.866	0.232	0.428	1.582	97.3
2.15-2.25	3.3	0.252	6671	0.947	0.165	0.303	1.606	97.2
2.25-2.37	3.3	0.19	6812	0.954	0.123	0.227	1.557	97.9
2.37-2.52	3.3	0.125	6789	0.98	0.08	0.149	1.421	98.3
2.52-2.71	3.3	0.1	6841	0.986	0.065	0.12	1.567	98.2
2.71-2.99	3.3	0.062	6866	0.995	0.04	0.074	1.321	98.7
2.99-3.42	3.3	0.041	6893	0.997	0.026	0.049	1.336	98.7
3.42-4.3	3.3	0.025	6841	0.999	0.016	0.03	1.203	97.7
4.3-10	3.3	0.017	6808	0.999	0.011	0.02	0.83	95.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→24.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 3.801 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23102	4195	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18733	-	-	-
obs	0.18946	81154	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	-0 Å²	0.66 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→24.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6088	0	54	779	6921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6289
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.339	1.643	8549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.569	13517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.9	5	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.123	22.515	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.012	15	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.622	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.604	3.015	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.601	3.015	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.485	4.511	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.485	4.511	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.747	3.433	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.747	3.433	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.648	4.994	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.027	60.987	32338
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.006	60.881	32064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	296	-
R_work	0.326	5938	-
obs	-	-	96.56 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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