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- PDB-5zyt: Crystal structure of human MGME1 with 3' overhang double strand DNA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zyt
タイトルCrystal structure of human MGME1 with 3' overhang double strand DNA3
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
  • Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / human MGME1 / DNA complex / DNA exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / mitochondrial DNA replication / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial DNA repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Yang, C. / Gan, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into DNA degradation by human mitochondrial nuclease MGME1
著者: Yang, C. / Wu, R. / Liu, H. / Chen, Y. / Gao, Y. / Chen, X. / Li, Y. / Ma, J. / Li, J. / Gan, J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
C: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
D: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
E: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,8058
ポリマ－169,8058
非ポリマー00
水00
1
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
E: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4512
ポリマ－42,4512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
2
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4512
ポリマ－42,4512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
3
C: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
G: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4512
ポリマ－42,4512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
4
D: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4512
ポリマ－42,4512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.497, 77.489, 164.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1


分子量: 37051.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGME1, C20orf72, DDK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BQP7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5399.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8M NaH2PO4, and 0.8M K2HPO4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 44359 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 4221 / CC1/2: 0.684

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.702→29.957 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 2150 5.11 %
Rwork0.2495 --
obs0.2519 42065 89.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→29.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7164 872 0 0 8036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2511408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2554832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7021-2.76490.374770.31611471X-RAY DIFFRACTION49
2.7649-2.8340.37171200.31262025X-RAY DIFFRACTION71
2.834-2.91050.36861280.30642425X-RAY DIFFRACTION82
2.9105-2.99610.33071420.29752598X-RAY DIFFRACTION88
2.9961-3.09270.35841350.29262681X-RAY DIFFRACTION90
3.0927-3.20310.32061210.29852715X-RAY DIFFRACTION91
3.2031-3.33120.32481340.28182796X-RAY DIFFRACTION94
3.3312-3.48260.35221470.26622772X-RAY DIFFRACTION94
3.4826-3.66590.31681710.25282786X-RAY DIFFRACTION94
3.6659-3.89520.31311510.23792836X-RAY DIFFRACTION95
3.8952-4.19520.25081520.22832870X-RAY DIFFRACTION96
4.1952-4.6160.26461590.20872984X-RAY DIFFRACTION100
4.616-5.28070.2311600.21732981X-RAY DIFFRACTION100
5.2807-6.64120.33051720.24492944X-RAY DIFFRACTION98
6.6412-29.95880.2481810.23313031X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.0332 Å / Origin y: 38.8683 Å / Origin z: 38.5032 Å
111213212223313233
T0.2842 Å2-0.018 Å2-0.0124 Å2-0.1974 Å20.0268 Å2--0.2587 Å2
L0.4741 °20.1688 °2-0.1143 °2--0.0005 °2-0.0339 °2--0.2812 °2
S0.031 Å °-0.0642 Å °-0.0536 Å °-0.0045 Å °0.0169 Å °-0.0266 Å °-0.0633 Å °-0.0204 Å °-0.0502 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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