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- PDB-5zyo: Crystal Structure of domain-swapped Circular-Permuted YbeA (CP74)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zyo
タイトルCrystal Structure of domain-swapped Circular-Permuted YbeA (CP74) from Escherichia coli
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / domain-swapping / knot / circular permutation.
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosome binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase RlmH / Predicted SPOUT methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ko, K.T. / Huang, K.F. / Lyu, P.C. / Hsu, S.T.D.
資金援助 台湾, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)106-2113-M-001-004 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2628-M-001-005-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)106-2311-B-007-004-MY3 台湾
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Untying a Knotted SPOUT RNA Methyltransferase by Circular Permutation Results in a Domain-Swapped Dimer.
著者: Ko, K.T. / Hu, I.C. / Huang, K.F. / Lyu, P.C. / Hsu, S.D.
履歴
登録2018年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5624
ポリマ－70,5624
非ポリマー00
水6,323351
1
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2812
ポリマ－35,2812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
2
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2812
ポリマ－35,2812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.458, 88.053, 81.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H / 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA ...23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase / 23S rRNA m3Psi1915 methyltransferase / rRNA (pseudouridine-N3-)-methyltransferase RlmH


分子量: 17640.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rlmH, ybeA, b0636, JW0631 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A8I8, 23S rRNA (pseudouridine1915-N3)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3647.79
22.3647.79
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
293.151蒸気拡散法, シッティングドロップ法725% PEG 8000, 0.1M PIPES
293.152蒸気拡散法, シッティングドロップ法725% PEG 8000, 0.1M PIPES

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL15A111.00928
シンクロトロンNSRRC BL13B121
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX300HE1CCD2018年3月12日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2017年12月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.009281
211
反射

Entry-ID: 5ZYO / % possible obs: 99.5 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-IDNet I/σ(I)
1.75-30654523.70.0330.020.0391.009134.82
2.16-30351737.30.0920.0360.099216.46
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.813.10.4392.1364050.8240.2850.5250.681198.1
2.16-2.245.60.6612.0833580.810.2920.7251.066295.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.567 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19466 3326 5.1 %RANDOM
Rwork0.16933 ---
obs0.1706 62103 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→29.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 0 351 5055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.6396566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7125598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80521.181237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7181539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4783.8912401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6585.832996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0844.5732437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.58654.877521
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.08734838
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 254 -
Rwork0.289 4289 -
obs--94.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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