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- PDB-5zxu: Crystal structure of CurA in complex with NADPH from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zxu
タイトルCrystal structure of CurA in complex with NADPH from Vibrio vulnificus
要素NADP-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Reductase (還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / NADP-dependent oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus MO6-24/O (ビブリオ・バルニフィカス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, M.-K. / Bae, D.-W. / Cha, S.-S.
引用ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Curcumin-Reducing Activity of CurA from Vibrio vulnificus.
著者: Park, S.B. / Bae, D.W. / Clavio, N.A.B. / Zhao, L. / Jeong, C.S. / Choi, B.M. / Macalino, S.J.Y. / Cha, H.J. / Park, J.B. / Lee, J.H. / Nam, S.J. / Choi, S. / Kim, M.K. / Cha, S.S.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1852
ポリマ－36,4401
非ポリマー7451
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.137, 90.137, 105.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent oxidoreductase


分子量: 36439.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_015728066
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus MO6-24/O (ビブリオ・バルニフィカス)
株: MO6-24/O / 遺伝子: VVM02027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8GZL4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: sodium chloride, MES, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.05 Å / Num. obs: 22720 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3257 / Rrim(I) all: 1.073 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZXN

5zxn


解像度: 2.2→20.05 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1053 4.65 %
Rwork0.2009 21608 -
obs0.2027 22661 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.97 Å2 / Biso mean: 58.8025 Å2 / Biso min: 25.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→20.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 48 164 2709
Biso mean--41.4 57.66 -
残基数----337
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.30.39581260.332426462772
2.3-2.42110.38121230.300626372760
2.4211-2.57250.28261260.266326842810
2.5725-2.77060.29581150.241126742789
2.7706-3.04860.26711230.211626772800
3.0486-3.48770.22541440.189627012845
3.4877-4.38660.2041600.164727042864
4.3866-20.05050.20811360.177428853021
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.234 Å / Origin y: -23.5241 Å / Origin z: -7.2753 Å
111213212223313233
T0.3694 Å2-0.0072 Å20.0613 Å2-0.4774 Å20.0185 Å2--0.3583 Å2
L3.2589 °20.1286 °2-0.968 °2-0.7287 °20.0123 °2--1.8122 °2
S-0.0329 Å °-0.8377 Å °-0.041 Å °0.2303 Å °0.0242 Å °0.0631 Å °-0.025 Å °0.2162 Å °0.0239 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 342
2X-RAY DIFFRACTION1allB2458
3X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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