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万見
- PDB-5i39: High resolution structure of L-amino acid deaminase from Proteus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i39
タイトルHigh resolution structure of L-amino acid deaminase from Proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence
要素L-amino acid deaminase
キーワードOXIDOREDUCTASE / membrane protein / l-amino acid oxidase / LAAO / LAD / LAAD
機能・相同性FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / cytoplasm / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-amino acid deaminase
機能・相同性情報
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhou, H. / Ju, Y. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a membrane-bound l-amino acid deaminase from Proteus vulgaris
著者: Ju, Y. / Tong, S. / Gao, Y. / Zhao, W. / Liu, Q. / Gu, Q. / Xu, J. / Niu, L. / Teng, M. / Zhou, H.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-amino acid deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,15211
ポリマ－44,8081
非ポリマー1,34410
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.265, 63.708, 125.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 L-amino acid deaminase


分子量: 44808.316 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 30-471, with deletion of residues 326-375
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: LAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LCB2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 10% PEG 8,000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 139986 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15683 6840 4.9 %RANDOM
Rwork0.14083 ---
obs0.14161 132930 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 89 514 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.372.0064375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5937147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0435423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84724.328134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.71215502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8991521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.1891572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4991.2171571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6721.7841972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.67214.4021973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8291.3331630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8291630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.89111.0792383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.80511.4684197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.80511.4714198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.7833202
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.73596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.16253539
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 507 -
Rwork0.201 9761 -
obs--98.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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