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- PDB-5zvk: Crystal Structure of the Human Coronavirus MERS HR1 motif in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zvk
タイトルCrystal Structure of the Human Coronavirus MERS HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1
要素
  • Human Coronavirus MERS HR1 motif
  • pan-CoV inhibitory peptide EK1
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR (ウイルス性) / MERS / Spike protein (スパイクタンパク質) / S2 domain / HR1 motif / pan-Coronavirus / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Yan, L. / Yang, B. / Wilson, I.A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31600619 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: A pan-coronavirus fusion inhibitor targeting the HR1 domain of human coronavirus spike.
著者: Xia, S. / Yan, L. / Xu, W. / Agrawal, A.S. / Algaissi, A. / Tseng, C.K. / Wang, Q. / Du, L. / Tan, W. / Wilson, I.A. / Jiang, S. / Yang, B. / Lu, L.
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human Coronavirus MERS HR1 motif
B: Human Coronavirus MERS HR1 motif
C: Human Coronavirus MERS HR1 motif
a: pan-CoV inhibitory peptide EK1
b: pan-CoV inhibitory peptide EK1
c: pan-CoV inhibitory peptide EK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4556
ポリマ－40,4556
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14210 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.280, 60.280, 175.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Human Coronavirus MERS HR1 motif


分子量: 8561.517 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 984-1062 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W6A0A7, UniProt: K9N5Q8*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド pan-CoV inhibitory peptide EK1


分子量: 4923.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The manually designed EK1 inhibitor was modified from a Coronavirus sequence (UNP P36334 SPIKE_CVHOC, UNP residues 1252-1288).
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細The protein used for crystallization is a HR1-SGGRGG-EK1 fusion protein that contains MERS HR1 ...The protein used for crystallization is a HR1-SGGRGG-EK1 fusion protein that contains MERS HR1 motif, followed by SGGRGG linker, followed by manually designed EK1 peptide.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M KSCN, pH 7.0, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→25.8 Å / Num. obs: 6009 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 109 Å2 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 3.31→3.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 564 / Rpim(I) all: 0.324 / Rrim(I) all: 0.775 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mod

4mod


解像度: 3.31→25.8 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 339 5.69 %
Rwork0.259 --
obs0.2622 5953 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→25.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 0 0 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5523163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3961456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002408
LS精密化 シェル解像度: 3.31→3.43 Å / Rfactor Rfree: 0.318 / Rfactor Rwork: 0.34
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.3284 Å / Origin y: 34.8555 Å / Origin z: 188.4057 Å
111213212223313233
T0.678 Å20.1873 Å20.0751 Å2-0.6651 Å20.1082 Å2--0.7339 Å2
L7.074 °2-3.7619 °2-2.5162 °2-3.4631 °21.5613 °2--2.4813 °2
S0.4311 Å °0.4167 Å °0.0777 Å °-0.3267 Å °-0.2002 Å °0.2979 Å °-0.5074 Å °-0.5441 Å °-0.201 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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