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万見
- PDB-5zsw: RBM10-RRM2 domain and its lung cancer related mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zsw
タイトルRBM10-RRM2 domain and its lung cancer related mutant
要素RNA-binding protein 10
キーワードRNA BINDING PROTEIN / classical folding and binding mode
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome ...vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 10, RNA recognition motif 2 / RBM10, OCRE domain / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others ...RNA-binding protein 10, RNA recognition motif 2 / RBM10, OCRE domain / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / RRM (RNA recognition motif) domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Qin, H.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural, dynamics, and RNA binding comparison between RBM10-RRM2 domain and its lung cancer related mutation.
著者: Qin, H.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6761
ポリマ－9,6761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5650 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 10 / G patch domain-containing protein 9 / RNA-binding motif protein 10 / RNA-binding protein S1-1 / S1-1


分子量: 9676.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM10, DXS8237E, GPATC9, GPATCH9, KIAA0122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98175

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic14D APSY-HACANH
121isotropic15D APSY-CBCA(CO)NH
131isotropic15D APSY-(HA)CA(CO)NH
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RRM2, 90% H2O/10% D2O / Label: 15N_13C_label / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: RRM2 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, pH6.5, and 25 celsius degree during all the experiments
イオン強度: 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride mM
Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
UNIO-ASCANHerrmann, T., Fiorito, F., Volk, J. Wuthrich, K.chemical shift assignment
UNIO CANDIDHerrmann, T., Fiorito, F., Volk, J. Wuthrich, K.structure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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